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Windows Vista x64 (SP1)での各種プログラムの動作状況をここに記載していきます。
私が確認できたものを随時公開していくのは勿論、ご覧の方で自分のところで動作確認が取れたというものも、メールorこの記事へのコメントでお寄せ頂ければと思います。
各プログラムのすべての機能を確認するのは難しく、またハードウェアやドライバ等の環境にも依存しますので、完全動作を保障するものにはならないかと思います。あくまで利用は自己責任で。

[凡例：○＝問題なく動作, △＝一部問題あり, ×＝重大な問題あり(使用に耐えない), x86＝32bit環境(WOW)で動作, x64＝64bit環境で動作]

【アルファベット順】
ArgusLab 4.0.1 × (x86, 分子を回転できない)
Avogadro 0.6.1 ○ (x86)
Facio 11.5.1 ○ (x86)
Jmol 11.4.0 ○ (x86)
MacMolPlt 7.1 △ (x86, 分子を回転させるときにもたつく)
Molekel 5.3.0 × (x86, GAMESSの出力読み込み時に落ちる)
OpenBabel 2.1.1 ○ (x86)
ORCA 2.6.35 ○ (x86)
PC GAMESS 7.1.5 ○ (x86)
WinGAMESS 08 ○ (x86)
Winmostar 3.71L ○ (x86)

Posted by: s2k | Date: 08/04/13, 21:50 | PL | Comment (1)

同梱のMOPAC 6でgraphを指定すると、.gptだけでなく.mgfも出力されるようになってます。また、MOPACのSTEP/POINT計算やGaussianのScan計算の読み込みに対応。他にいくつか細かい追加・修正あり。

Download ⇒ Winmostar Home Page

Posted by: s2k | Date: 08/05/05, 16:02 | PL

GAMESSの新バージョンが今月公開(Webに反映されたのは昨日?)。
DFTの汎関数がいくつか追加(TruhlarらのM05/M06が中心)。TDDFT gradientをサポート。Open Shell CC(energy)をサポート。高精度エネルギー法G3(MP2, CCSD(T))をサポート。他にもいろいろ。

Download ⇒ Gordon Group/GAMESS Homepage

Posted by: s2k | Date: 08/04/29, 21:03 | PL

3Dでの分子軌道表示にメッシュタイプを追加(下図)。各種計算プログラムの静電ポテンシャルや双極子モーメントの表示に対応。Gaussianの振動計算におけるVCDの可視化に対応。MOS-F 4.2に対応。他にJmolとの連携強化など。

Download ⇒ Winmostar Home Page

Posted by: s2k | Date: 08/04/14, 21:24 | PL

PC GAMESSの並列化については以前に書きましたが、ここではWinGAMESSの簡潔な並列化について紹介します。PC GAMESSとWinGAMESSはどちらも「GAMESS」とつきますが、その中身はかなり違っていて、例えばPC GAMESSではMP3/4計算やRSURFACE計算，Cube出力の実装，そして何より計算が高速なのが特長で、WinGAMESSではCCやNEO，EFP/PCM，NMR，TinkerによるQM/MM，UMP2 GradientなどPC GAMESSより幅広い計算が可能になっています。

続きを読む "WinGAMESSのSMP環境における並列化" »

Posted by: s2k| Date: 07/07/22, 10:33 | PL | Comment (0)

量子化学計算により出力されるデータの中で、必ずと言っていいほど利用されるのがエネルギー値です。その値と出力パターンは計算の方法(プログラム・計算目的・モデル化学)の違いで変わってきます。

ここでは、GAMESS(WinGAMESS/PC GAMESS)の出力ファイルのどこにエネルギーが記載され、その値はどのように処理すべきかについて、ごく簡単に述べたいと思います。

続きを読む "出力されるエネルギー値の取り扱い" »

Posted by: s2k| Date: 07/06/09, 23:57 | PL | Comment (0)

有機化学の世界においては、対象となる分子の多くは閉殻分子で、かつ反応機構も極性機構で捉えられています。しかし、その枠組みから外れる分子や反応機構も数多く知られています。今後、電子構造や反応機構が見直されていくものもあるでしょう。

計算化学において取り扱いの難しい化学種に「ビラジカル」があります。よく知られているビラジカルといえば酸素分子がありますが、他にも実際に観測されたものや理論的に考えられるものがいろいろあります。これらは1重項・3重項ともに閉殻状態の理論(RHF)では取り扱うことができません。1重項なのに閉殻じゃない、というと変な感じがしますが、実際に1重項ビラジカルは観測されていますし(酸素分子は基底状態が3重項ですが、1重項酸素も光反応等において重要な役割を果たしています)、最も長寿命の1重項ラジカルは日本で生み出されました(広島大・安倍研)。
1重項ビラジカルのような特殊な電子構造を扱うには、複数の電子配置を一緒に考慮する手法が必要です。多数の電子配置を参照する理論を「多参照理論」と呼びますが、ここではGAMESSを使って、そのような理論の一つ「CASSCF(完全活性空間多配置SCF)」の簡単な計算例をお示しします。

続きを読む "1重項ビラジカルの構造と遷移状態探索" »

Posted by: s2k| Date: 08/05/05, 15:26 | PL | Comment (0)

分子には基底状態と励起状態があります。多くの有機反応は基底状態で起こりますが、光照射下では励起状態からも反応が起こります。また、紫外・可視スペクトルは共役系の状態を知るために有用な情報を与えますが、これは電子の励起エネルギーを観測していることに他なりません。当然、物質の色もこの電子励起に伴う光吸収に起因しています。

励起状態は、分子軌道計算でもちろん扱うことができます。ですが、励起状態は基底状態と異なり無数にあるので、その取り扱いは時に非常に難しくなります。ここでは、最もよく励起状態が調べられている分子の一つ・ホルムアルデヒドを例に、励起エネルギーの計算と励起状態の構造最適化について概観します。

続きを読む "ホルムアルデヒドの励起状態計算" »

Posted by: s2k| Date: 07/11/04, 21:44 | PL | Comment (0)