Moldaの概要
MOLDAは、純国産の計算用フロントエンドとしては最も歴史が古く、80年代前半から開発が続いています。MOPAC,GAMESSの他にもMM2,Tinker(分子力学)やGaussian にも対応し、計算化学のHub的な役割を果たしています。昨年、バイオインフォマティクスを強く志向した「MOLDA Qulis」を開発、扱える原子数が大幅に強化され、タンパク質の自由度の高いモデリングが可能になりました。MOPACをタンパク質計算用に進化させた MOZYME(富士通)と組み合わせても良さそうです。
Moldaは対応している計算プログラムの多さに加えて、振動計算の可視化を行うことができ、また大量のテンプレートが同梱されているので、一般的な有機分子ならばその中から近いものを選んで、少し修飾するだけで目的の分子が構築できます。 VRMLへの出力もサポートしています。そして、各種計算プログラムを、Moldaとのデータのやりとりを通して連携させることが可能であることが、最大のメリットといえます。