Facioの概要

Facioは、GAMESSとGaussian，MOPAC，UTChemなどの分子軌道計算プログラム用プリポスト/可視化プログラムで、OpenGLを使った精細なグラフィックや市販プログラムに類似した操作性，z-matrixを意識しない入力作成など、計算初心者にも優しく、且つ中級者にも魅力的なプログラムです。

分子グラフィックについてはMolekelと負けず劣らず高度で、非常に精細な分子モデルを作成することが可能です。また、出力可視化についても優秀で、分子軌道はもちろん、IR/Ramanスペクトル，IRCなど多様な出力に対応しています。分子力学プログラム集Tinkerの構造最適化プログラムを利用して簡易最適化を行ったり、核酸/ペプチド自動生成プログラムを利用して核酸のモデリングを行うことも可能です。

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Posted by: s2k | Date: 06/12/31, 22:58 | | Comment (0)

Facioを使ったモデリング例

facio_mod001.jpg Fig.1 Vildagliptin
Facioを使った低分子のモデリング例として、Novartis社が開発したDPPIV阻害薬(糖尿病治療薬)『Vildagliptin』の簡単な構造最適化を行いたいと思います。この例で、Facioを使った分子構築の多くの機能を理解することができると思います。

※Vildagliptin(ビルダグリプチン:Fig.1)は、プロリンから誘導されるアミノニトリルとアダマンタン骨格が特徴的なDPPIV(DiPeptidylPeptidase IV)阻害薬で、インスリン分泌を促進するホルモンの分解を抑制することによりインスリン分泌を促進し、血糖値を低下させる作用を有します。

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Posted by: s2k | Date: 07/01/02, 16:36 | | Comment (0)

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