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    <subtitle>Desktop Chemistry on Windows PC.</subtitle>
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    <title>Winmostar V.3.73 (08/05/04)</title>
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    <published>2008-05-05T07:02:05Z</published>
    <updated>2008-05-05T07:05:02Z</updated>
    
    <summary>同梱のMOPAC 6でgraphを指定すると、.gptだけでなく.mgfも出力さ...</summary>
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            <category term="(X-00)更新情報" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[同梱のMOPAC 6でgraphを指定すると、.gptだけでなく.mgfも出力されるようになってます。また、MOPACのSTEP/POINT計算やGaussianのScan計算の読み込みに対応。他にいくつか細かい追加・修正あり。

Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>
]]>
        
    </content>
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    <title>1重項ビラジカルの構造と遷移状態探索</title>
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    <published>2008-05-05T06:26:07Z</published>
    <updated>2008-05-05T07:00:11Z</updated>
    
    <summary> 有機化学の世界においては、対象となる分子の多くは閉殻分子で、かつ反応機構も極性...</summary>
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    </author>
            <category term="(B-00)実例集" />
            <category term="(B-02)反応機構解析" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[<p>
有機化学の世界においては、対象となる分子の多くは閉殻分子で、かつ反応機構も極性機構で捉えられています。しかし、その枠組みから外れる分子や反応機構も数多く知られています。今後、電子構造や反応機構が見直されていくものもあるでしょう。
</p>
<p>
計算化学において取り扱いの難しい化学種に「ビラジカル」があります。よく知られているビラジカルといえば酸素分子がありますが、他にも実際に観測されたものや理論的に考えられるものがいろいろあります。これらは1重項・3重項ともに閉殻状態の理論(RHF)では取り扱うことができません。1重項なのに閉殻じゃない、というと変な感じがしますが、実際に1重項ビラジカルは観測されていますし(酸素分子は基底状態が3重項ですが、1重項酸素も光反応等において重要な役割を果たしています)、最も長寿命の1重項ラジカルは日本で生み出されました(<a href="http://home.hiroshima-u.ac.jp/tenyu/">広島大・安倍研</a>)。<br />
1重項ビラジカルのような特殊な電子構造を扱うには、複数の電子配置を一緒に考慮する手法が必要です。多数の電子配置を参照する理論を「多参照理論」と呼びますが、ここではGAMESSを使って、そのような理論の一つ「CASSCF(完全活性空間多配置SCF)」の簡単な計算例をお示しします。
</p>]]>
        <![CDATA[<h4 class="hddr">はじめに―単参照理論での最適化</h4>
<div class="imgright"><img alt="casscf01.jpg" src="http://pc-chem.info/img/casscf01.jpg" width="150" height="137" /><br />Fig.1 エチレン二量体の構造</div>
<p>
今回は、よく知られている直鎖形エチレン二量体(Fig.1)の1重項での安定構造と、二量化の遷移状態について計算を実施します。<br />
まず、エチレン二量体の初期構造を作成します。この分子はD2hの対称性をもっており、Z-matrixで簡単に記述できます。私の記述例を以下に示します。
</p>
<div class="pretext">
C
C  1  rCC
C  1  rCC  2  110
C  2  rCC  1  110  3  180
H  1  rCH  2  110  3  120
H  1  rCH  2  110  3 -120
H  2  rCH  1  110  4  120
H  2  rCH  1  110  4 -120
H  3  rCH  1  120  2   90
H  3  rCH  1  120  2  -90
H  4  rCH  2  120  1   90
H  4  rCH  2  120  1  -90

rCC=1.50
rCH=1.00
</div>
<p>
ナンバリングはFig.1の通りになっています。この構造を出発点に、計算を進めていくことにします。まず、単純にここから対称性を保ったままRHFやUHFで構造最適化するとどうなるでしょうか。
</p>
<p>
RHFでの構造最適化計算の入力例
</p>
<div class="pretext">
 $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE COORD=ZMT
  MAXIT=200 NZVAR=0 MULT=1 $END
 $SYSTEM TIMLIM=3600 MWORDS=1 $END
 $SCF DIRSCF=.T. DAMP=.T. $END
 $BASIS GBASIS=STO NGAUSS=3 $END
 $GUESS GUESS=HUCKEL $END
 $STATPT NSTEP=100 OPTTOL=0.0001 $END
 $DATA
C4H8 biradical
Cnh 2

C
C  1  rCC
C  1  rCC  2  110
C  2  rCC  1  110  3  180
H  1  rCH  2  110  3  120
H  1  rCH  2  110  3 -120
H  2  rCH  1  110  4  120
H  2  rCH  1  110  4 -120
H  3  rCH  1  120  2   90
H  3  rCH  1  120  2  -90
H  4  rCH  2  120  1   90
H  4  rCH  2  120  1  -90

rCC=1.50
rCH=1.00  
 $END
</div>
<div class="imgright"><a href="http://pc-chem.info/img/casscf02.jpg"><img alt="casscf02.jpg" src="http://pc-chem.info/img/casscf02-thumb.jpg" width="150" height="157" /></a><br />Fig.2 RHFでは解離する</div>
<p>
UHFの場合は$CONTRLのSCFTYPをRHF→UHFに変えるだけです。<br />
この計算は基底関数がSTO-3Gということもあり、すぐに終わります。結果を可視化ソフトで見ると…Fig.2のように、エチレン2分子に解離してしまいます。図はRHFの結果ですが、UHFでも同じ結果になります。二量体の構造は得られません。
</p>
<p>
では、CASSCFではどうでしょうか。
</p>

<h4 class="hddr">CASSCFの入力作成・構造最適化</h4>
<p>
CASSCFのような多配置SCFでは、<u>計算成功の可否に初期軌道の質が大きく関わります</u>。GAMESSでは、デフォルトで初期軌道をHuckel法により作成しますが、予めRHF等で収束した軌道を初期軌道に用いたほうが計算がスムーズに進行することが多いです。また、初期軌道をRHF等で作成する際に、<strong>同時にどの軌道を活性空間(AS)に取り込むかを調べます</strong>。<br />
先のRHFによる構造最適化計算で、すでに初期構造の軌道は得られています(punchファイルの最初のほうに出力されています)が、軌道の可視化や$VECデータのコピーを容易にするため、もう一度1点計算をし直すことにします。
</p>
<div class="imgright"><a href="http://pc-chem.info/img/casscf03.jpg"><img alt="casscf03.jpg" src="http://pc-chem.info/img/casscf03-thumb.jpg" width="150" height="78" /></a><br />Fig.3 HOMOとLUMO</div>
<p>
入力については省略しますが、計算により得られた分子軌道の中で大事なのは、<strong>今注目している部位に寄与の大きい軌道</strong>です。この例では、HOMO(16)とLUMO(17)(Fig.3)がラジカル電子の配置に大きく関わると考えられますので、この2軌道を活性空間に設定することにします。
</p>
<p>
CASSCFの入力例を以下に示します。
</p>
<div class="pretext" style="height:400px">
 $CONTRL <strong>SCFTYP=MCSCF</strong> RUNTYP=OPTIMIZE COORD=ZMT
  MAXIT=200 NZVAR=0 MULT=1 $END
 $SYSTEM TIMLIM=3600 MWORDS=1 MEMDDI=1 $END
 $SCF DIRSCF=.T. DAMP=.T. $END
 $BASIS GBASIS=STO NGAUSS=3 $END
 <strong>$GUESS GUESS=MOREAD NORB=28 $END
 $MCSCF CISTEP=ALDET $END
 $DET NCORE=15 NACT=2 NELS=2 GROUP=C2h ISTSYM=1
 NSTATE=1 WSTATE(1)=1 $END</strong>
 $STATPT NSTEP=100 OPTTOL=0.0001 HSSEND=.T. $END
 $DATA
C4H8 biradical
Cnh 2

C
C  1  rCC
C  1  rCC  2  110
C  2  rCC  1  110  3  180
H  1  rCH  2  110  3  120
H  1  rCH  2  110  3 -120
H  2  rCH  1  110  4  120
H  2  rCH  1  110  4 -120
H  3  rCH  1  120  2   90
H  3  rCH  1  120  2  -90
H  4  rCH  2  120  1   90
H  4  rCH  2  120  1  -90

rCC=1.50
rCH=1.00  
 $END
 <strong>$VEC   
 1  1 7.00849008E-01 3.30950787E-02-2.49690729E-03-1.73512246E-03-0.00000000E+00
 1  2-7.00849008E-01-3.30950787E-02-2.49690729E-03-1.73512246E-03-0.00000000E+00
 1  3 2.24185518E-04-4.28773522E-03 2.81846799E-03-1.45679763E-03-0.00000000E+00
 1  4-2.24185518E-04 4.28773522E-03 2.81846799E-03-1.45679763E-03-0.00000000E+00
 1  5-5.80164897E-03 5.80164897E-03-5.80164897E-03 5.80164897E-03 3.26677990E-05
 1  6-3.26677990E-05 3.26677990E-05-3.26677990E-05
 2  1 7.01576251E-01 2.41583745E-02 2.08415794E-03 2.84541396E-03-0.00000000E+00
(中略)
27  6-6.27385743E-01-6.27385743E-01 6.27385743E-01
28  1-0.00000000E+00-0.00000000E+00-0.00000000E+00-0.00000000E+00 7.05445020E-01
28  2-0.00000000E+00-0.00000000E+00-0.00000000E+00-0.00000000E+00-7.05445020E-01
28  3-0.00000000E+00-0.00000000E+00-0.00000000E+00-0.00000000E+00-6.94066062E-01
28  4-0.00000000E+00-0.00000000E+00-0.00000000E+00-0.00000000E+00 6.94066062E-01
28  5 4.55138447E-01 4.55138447E-01-4.55138447E-01-4.55138447E-01-4.91636497E-01
28  6-4.91636497E-01 4.91636497E-01 4.91636497E-01
 $END</strong>
</div>
<p>
まず$CONTRLでSCFTYP=MCSCFとします。これが無ければ始まりません。これに対応するのが$MCSCFで、ここでCIのやり方を選び(CISTEP=ALDET)、またSCFのオプションを選択したりします。CASSCFを実行するに当たって、一番直感的に入力を作成できるのがALDETですので(これは私の主観ですが)、ここではそれを選択しています。他にGUGAやORMASなどが選択でき、これらもよく使われます。
</p>
<div class="imgright"><a href="http://pc-chem.info/img/casscf04.jpg"><img alt="casscf04.jpg" src="http://pc-chem.info/img/casscf04-thumb.jpg" width="150" height="157" /></a><br />Fig.4 CASSCF(2,2)の最適化構造<br /><br /><a href="http://pc-chem.info/img/casscf05.jpg"><img alt="casscf05.jpg" src="http://pc-chem.info/img/casscf05-thumb.jpg" width="150" height="140" /></a><br />Fig.5 2つの非結合性軌道</div>
<p>
CISTEP=ALDETに対応するのが$DETで、ここで活性空間の設定をします。NCOREは励起配置に取り込まない被占軌道の数、NACTは活性軌道の数、NELSは活性軌道に配置する電子数です。<u>これで、一般によく書かれる「CASSCF(2,2)」を指定したことになります</u>。GROUPは点群で、通常は$DATAグループから引用されますが、$DETで指定できるのは点群の中でもアーベル群(C1, Ci, Cs, C2, C2v, C2h, D2, D2h)だけです。ISTSYMは解く状態の対称性を指定します。指定は数字ですが、これはマニュアルに従います。上記の例はC2hですが、この場合1=Ag, 2=Bu, 3=Bg, 4=Auとなり、基底状態の計算ですので1を指定します(励起状態ではそれぞれに応じた数字を指定します)。NSTATEは解く電子状態の数、WSTATEは各電子状態の重み付けを表す配列です(ここでは1つの状態しか解かないのでこのようになっていますが、励起状態の計算等で複数の電子状態を解いてその内下から2番目の状態を使うような場合は、NSTATE=5 WSTATE(1)=0,1,0,0,0のように記述したりします)。
</p>
<p>
$GUESSでGUESS=MOREADとし、初期軌道として$VECを指定します。NORBで$VECに含まれる軌道数($VECの行頭の数字、事前に軌道を確認する際、全軌道数も同時にチェックするとよい)を指定します。$VECは、RHF一点計算のpunchファイルからコピーします(<a href="http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/">PC GAMESSのオフィシャルサイト</a>で配布されている入出力ファイル処理インタプリタ「JOB」を使うと作業を簡単にできます)。
また、$SYSTEMでMEMDDIを指定していますが、<u>MCSCFで解析的にHessianを計算する場合はMEMDDIが必要になります</u>(マニュアルを参照して下さい)。
</p>
<p>
この計算の結果、Fig.4のような構造が得られます。最適化されたMCSCF自然軌道を可視化すると、二つの電子がほぼ一つずつ同じエネルギーレベルの非結合性軌道(縮退した軌道)に入っていることがわかります(Fig.5)。振動解析からも、これが停留点であることが確認できます。出力ファイルには、電子配置と最適化されたCI係数も出力されています(下記)。
</p>
<div class="pretext">
 CI EIGENVECTORS WILL BE LABELED IN GROUP=C2H     
 PRINTING ALL NON-ZERO CI COEFFICIENTS

 STATE   1  ENERGY=      -154.1751291596  S=  0.00  SZ=  0.00  SPACE SYM=AG  

ALPH|BETA| COEFFICIENT
----|----|------------
 10 | 10 |   0.7672155
 01 | 01 |  -0.6413894
</div>

<h4 class="hddr">遷移状態の最適化とIRC計算</h4>
<p>
無事1重項のエチレン二量体の構造を得て、その電子構造も把握することができました。エチレン2分子からこの構造は生成すると考えられますから、次にその中間の構造…遷移状態を探索することにします。
</p>
<p>
上記計算で最適化された構造のZ-matrixの中で、中央のC-C結合を2.0&Aring;に変更し、再度RHFの一点計算を実施します。
</p>
<div class="pretext">
 C   
 C      1   2.0000000 ←1.5652118から変更
 C      1   1.5134808  2   112.2042627
 C      2   1.5134808  1   112.2042627  3   180.0000000  0
 H      1   1.0886017  2   108.7235173  3   121.6016116  0
 H      1   1.0886017  2   108.7235173  3  -121.6016116  0
 H      2   1.0886017  1   108.7235173  4   121.6016116  0
 H      2   1.0886017  1   108.7235173  4  -121.6016116  0
 H      3   1.0836564  1   117.6191033  2    72.2417168  0
 H      3   1.0836564  1   117.6191033  2   -72.2417168  0
 H      4   1.0836564  2   117.6191033  1    72.2417168  0
 H      4   1.0836564  2   117.6191033  1   -72.2417168  0
</div>
<p>
得られた初期軌道(punch内の$VEC)と上記Z-matrixを使って、遷移状態探索の入力を作成します。このケースでは、結合長が伸びたものの活性空間に取り込むべき軌道はHOMOとLUMOで変わっていません。
</p>
<div class="pretext">
 $CONTRL SCFTYP=MCSCF RUNTYP=SADPOINT COORD=ZMT
  MAXIT=200 NZVAR=0 MULT=1 $END
 $SYSTEM TIMLIM=3600 MWORDS=1 MEMDDI=1 $END
 $SCF DIRSCF=.T. DAMP=.T. $END
 $BASIS GBASIS=STO NGAUSS=3 $END
 $GUESS GUESS=MOREAD NORB=28 $END
 $MCSCF CISTEP=ALDET $END
 $DET NCORE=15 NACT=2 NELS=2 GROUP=C2h ISTSYM=1
 NSTATE=1 WSTATE(1)=1 $END
 $STATPT NSTEP=100 OPTTOL=0.0001 HESS=CALC HSSEND=.T. $END
 $DATA
C4H8 biradical
Cnh 2

 C   
 C      1   2.0000000
 C      1   1.5134808  2   112.2042627
 C      2   1.5134808  1   112.2042627  3   180.0000000  0
 H      1   1.0886017  2   108.7235173  3   121.6016116  0
 H      1   1.0886017  2   108.7235173  3  -121.6016116  0
 H      2   1.0886017  1   108.7235173  4   121.6016116  0
 H      2   1.0886017  1   108.7235173  4  -121.6016116  0
 H      3   1.0836564  1   117.6191033  2    72.2417168  0
 H      3   1.0836564  1   117.6191033  2   -72.2417168  0
 H      4   1.0836564  2   117.6191033  1    72.2417168  0
 H      4   1.0836564  2   117.6191033  1   -72.2417168  0
 $END
 $VEC   
 1  1 7.01393784E-01 2.63548842E-02 1.03921524E-04 4.85742852E-04 0.00000000E+00
 1  2-7.01393784E-01-2.63548842E-02 1.03921524E-04 4.85742852E-04 0.00000000E+00
 1  3-4.94414687E-04-4.06587222E-03 2.62667863E-03-1.54070630E-03 0.00000000E+00
(以下略)
</div>
<div class="imgright"><a href="http://pc-chem.info/img/casscf06.jpg"><img alt="casscf06.jpg" src="http://pc-chem.info/img/casscf06-thumb.jpg" width="150" height="157" /></a><br />Fig.6 遷移状態の構造<br /><br /><a href="http://pc-chem.info/img/casscf07.jpg"><img alt="casscf07.jpg" src="http://pc-chem.info/img/casscf07-thumb.jpg" width="150" height="161" /></a><br />Fig.7 唯一の虚振動モード</div>
<p>
$CONTRLでRUNTYP=SADPOINTとし、$STATPTでHESS=CALCとしています(小さな分子であれば、HESS=CALCでも時間はかかりませんが、大きい分子でこれをやると非常に時間がかかるため、その場合は別途低いレベルのモデル化学でHessian計算をしてHESS=READとした方が賢明です)。
</p>
<p>
この計算の結果、Fig.6のような構造が遷移状態として得られます。この構造はFig.7のような唯一つの虚振動モード(1104.58i cm<sup>-1</sup>)を有し、意図した反応の遷移状態であることが裏付けられます。
</p>
<p>
遷移状態が得られましたので、そこから原系・生成系に向かうIRCを辿ることができます。この計算で静的な反応経路がはっきりとしたものになります。入力は例えば以下のようになります。
</p>
<div class="pretext" style="height:400px">
 $CONTRL SCFTYP=MCSCF RUNTYP=IRC COORD=ZMT
  MAXIT=200 NZVAR=0 MULT=1 $END
 $SYSTEM TIMLIM=3600 MWORDS=1 $END
 $SCF DIRSCF=.T. DAMP=.T. $END
 $BASIS GBASIS=STO NGAUSS=3 $END
 $GUESS GUESS=MOREAD NORB=28 $END
 $MCSCF CISTEP=ALDET $END
 $DET NCORE=15 NACT=2 NELS=2 GROUP=C2h ISTSYM=1
 NSTATE=1 WSTATE(1)=1 $END
 $IRC SADDLE=.T. NPOINT=5 FORWRD=.T. $END
 $DATA
C4H8 biradical
Cnh 2

 C   
 C      1   2.0356362
 C      1   1.3676055  2   106.1469352
 C      2   1.3676055  1   106.1469352  3   180.0000000  0
 H      1   1.0826655  2    96.7838113  3   122.3220097  0
 H      1   1.0826655  2    96.7838113  3  -122.3220097  0
 H      2   1.0826655  1    96.7838113  4   122.3220097  0
 H      2   1.0826655  1    96.7838113  4  -122.3220097  0
 H      3   1.0802514  1   121.4087570  2    84.7038773  0
 H      3   1.0802514  1   121.4087570  2   -84.7038773  0
 H      4   1.0802514  2   121.4087570  1    84.7038773  0
 H      4   1.0802514  2   121.4087570  1   -84.7038773  0
 $END
 $VEC   
 1  1 7.01393784E-01 2.63548842E-02 1.03921524E-04 4.85742852E-04 0.00000000E+00
 1  2-7.01393784E-01-2.63548842E-02 1.03921524E-04 4.85742852E-04 0.00000000E+00
 1  3-4.94414687E-04-4.06587222E-03 2.62667863E-03-1.54070630E-03 0.00000000E+00
(中略)
28  4 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00-6.67420878E-01
28  5-3.76447975E-01-3.76447975E-01 3.76447975E-01 3.76447975E-01 4.59743371E-01
28  6 4.59743371E-01-4.59743371E-01-4.59743371E-01
 $END
 $HESS
ENERGY IS     -154.1190309087 E(NUC) IS      113.2868050473
 1  1 4.99381791E-01-6.16530232E-01 0.00000000E+00 7.73159893E-01-1.08030177E-01
 1  2 0.00000000E+00-5.05503920E-01 3.35419782E-01 0.00000000E+00-5.25312149E-01
 1  3 2.78099599E-01 0.00000000E+00-7.41763169E-02 7.05381343E-02-7.68580025E-02
(中略)
36  6 5.87569201E-05 1.79303061E-04-1.43812534E-02 1.63040204E-02-1.26706340E-02
36  7-8.87988193E-05 3.95914479E-05-1.84563136E-04 1.28008125E-01-1.36162559E-01
36  8 3.75942986E-01
 $END
</div>
<p>
$CONTRLでRUNTYP=IRCとし、これに対応する$IRCを記述します。SADDLEは、入力構造が遷移状態であることを示し、NPOINTは何点までIRC上を進むかです(その遷移状態が正しく原系と生成系を結んでいるかを確かめるためなら、多くはいらないはず)。FORWRDは$HESSの虚振動モードにしたがって変位させるか(true)、その逆に変位させるか(false)で、ここだけが異なる2つの入力ファイルを作成して実行することで、遷移状態の両サイドへIRCを辿ることができます。$HESSは先の遷移状態最適化計算のpunchファイルよりコピーします。
</p>
<div class="imgright"><a href="http://pc-chem.info/img/casscf08.gif"><img alt="casscf08.gif" src="http://pc-chem.info/img/casscf08.gif" width="150" height="157" /></a><br />Fig.8 IRCに沿った構造変化</div>
<p>
結果をアニメーション化したのがFig.8で、2分子のエチレンが接近し、遷移状態を通過してビラジカルを生成する様子が滑らかに再現されています。
</p>
<p>
[<a href="http://pc-chem.info/dat/casscf.zip">本稿で行った計算の入出力ファイル(casscf.zip, 618 KB)</a>] 
</p>
<p>
注) 本稿で実施した計算はシンプルなモデル化学(CASSCF(2,2)/STO-3G)で実施していますので、定量性は期待できません。ビラジカルの構造も基底関数の改良で変化しますが(特にラジカル周りの平面性など)、ここではその手の話が本筋ではないので割愛しています。
</p>]]>
    </content>
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    <title>GAMESS 11 APR 2008 (R1) (2008/04/11)</title>
    <link rel="alternate" type="text/html" href="http://pc-chem.info/2008/04/gamess_11_apr_2008_r1_20080411.html" />
    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=283" title="GAMESS 11 APR 2008 (R1) (2008/04/11)" />
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    <published>2008-04-29T12:03:44Z</published>
    <updated>2008-04-29T12:14:56Z</updated>
    
    <summary>GAMESSの新バージョンが今月公開(Webに反映されたのは昨日?)。 DFTの...</summary>
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            <category term="(X-00)更新情報" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[GAMESSの新バージョンが今月公開(Webに反映されたのは昨日?)。
DFTの汎関数がいくつか追加(TruhlarらのM05/M06が中心)。TDDFT gradientをサポート。Open Shell CC(energy)をサポート。高精度エネルギー法G3(MP2, CCSD(T))をサポート。他にもいろいろ。

<img alt="WG0804r1.jpg" src="http://pc-chem.info/WG0804r1.jpg" width="250" height="203" />

Download ⇒ <a href="http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/">Gordon Group/GAMESS Homepage</a>]]>
        
    </content>
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    <title>Winmostar V.3.72 (08/04/14)</title>
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    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=279" title="Winmostar V.3.72 (08/04/14)" />
    <id>tag:pc-chem.info,2008://3.279</id>
    
    <published>2008-04-14T12:24:27Z</published>
    <updated>2008-04-14T12:29:04Z</updated>
    
    <summary>3Dでの分子軌道表示にメッシュタイプを追加(下図)。各種計算プログラムの静電ポテ...</summary>
    <author>
        <name>s2k</name>
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            <category term="(X-00)更新情報" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[3Dでの分子軌道表示にメッシュタイプを追加(下図)。各種計算プログラムの静電ポテンシャルや双極子モーメントの表示に対応。Gaussianの振動計算におけるVCDの可視化に対応。MOS-F 4.2に対応。他にJmolとの連携強化など。
<a href="http://pc-chem.info/winmos_372.jpg"><img alt="winmos_372.jpg" src="http://pc-chem.info/winmos_372-thumb.jpg" width="186" height="200" /></a>

Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>
]]>
        
    </content>
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    <title>Facio Ver.11.5.1 (2008/04/13)</title>
    <link rel="alternate" type="text/html" href="http://pc-chem.info/2008/04/facio_ver1151_20080413.html" />
    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=278" title="Facio Ver.11.5.1 (2008/04/13)" />
    <id>tag:pc-chem.info,2008://3.278</id>
    
    <published>2008-04-14T12:18:38Z</published>
    <updated>2008-04-14T12:23:40Z</updated>
    
    <summary>FMO計算から得られる重要な知見の一つ、フラグメント間相互作用エネルギー分割(P...</summary>
    <author>
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    </author>
            <category term="(X-00)更新情報" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[FMO計算から得られる重要な知見の一つ、フラグメント間相互作用エネルギー分割(PIEDA:Pair Interaction Energy Decomposition Analysis)の可視化が前バージョンより実装されています。
<a href="http://pc-chem.info/Facio_PIEDA.jpg"><img alt="Facio_PIEDA.jpg" src="http://pc-chem.info/Facio_PIEDA-thumb.jpg" width="300" height="193" /></a>

Download ⇒ <a href="http://www1.bbiq.jp/zzzfelis/">ぐう猫工房</a>
]]>
        
    </content>
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    <title>Windows Vista x64での動作状況一覧</title>
    <link rel="alternate" type="text/html" href="http://pc-chem.info/2008/04/windows_vista_x64.html" />
    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=277" title="Windows Vista x64での動作状況一覧" />
    <id>tag:pc-chem.info,2008://3.277</id>
    
    <published>2008-04-13T12:50:59Z</published>
    <updated>2008-04-13T13:33:36Z</updated>
    
    <summary>Windows Vista x64 (SP1)での各種プログラムの動作状況をここ...</summary>
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            <category term="(Y-00)告知" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        Windows Vista x64 (SP1)での各種プログラムの動作状況をここに記載していきます。
私が確認できたものを随時公開していくのは勿論、ご覧の方で自分のところで動作確認が取れたというものも、メールorこの記事へのコメントでお寄せ頂ければと思います。
各プログラムのすべての機能を確認するのは難しく、またハードウェアやドライバ等の環境にも依存しますので、完全動作を保障するものにはならないかと思います。あくまで利用は自己責任で。

[凡例：○＝問題なく動作, △＝一部問題あり, ×＝重大な問題あり(使用に耐えない), x86＝32bit環境(WOW)で動作, x64＝64bit環境で動作]

【アルファベット順】
ArgusLab 4.0.1 × (x86, 分子を回転できない)
Avogadro 0.6.1 ○ (x86)
Facio 11.5.1 ○ (x86)
Jmol 11.4.0 ○ (x86)
MacMolPlt 7.1 △ (x86, 分子を回転させるときにもたつく)
Molekel 5.3.0 × (x86, GAMESSの出力読み込み時に落ちる)
OpenBabel 2.1.1 ○ (x86)
ORCA 2.6.35 ○ (x86)
PC GAMESS 7.1.5 ○ (x86)
WinGAMESS 08 ○ (x86)
Winmostar 3.71L ○ (x86)




        
    </content>
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    <title>Winmostar V.3.71 (08/02/19)</title>
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    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=270" title="Winmostar V.3.71 (08/02/19)" />
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    <published>2008-02-19T13:50:02Z</published>
    <updated>2008-02-19T14:00:48Z</updated>
    
    <summary>GAMESSの入力ファイル作成パネルが新規に追加され、構造最適化計算の過程をアニ...</summary>
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    </author>
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[GAMESSの入力ファイル作成パネルが新規に追加され、構造最適化計算の過程をアニメーション表示する画面にGradient表示を追加。MOPAC2007のmgfファイルを読み込んで分子軌道表示できるように(但しd軌道を含むものについては表示できないので、Jmolのスクリプトコンソール用のテキストを表示することで代替しています)。
Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>

]]>
        
    </content>
</entry>
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    <title>Winmostar V.3.71 (08/02/19)</title>
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    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=271" title="Winmostar V.3.71 (08/02/19)" />
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    <published>2008-02-19T13:50:02Z</published>
    <updated>2008-02-19T14:01:03Z</updated>
    
    <summary>GAMESSの入力ファイル作成パネルが新規に追加され、構造最適化計算の過程をアニ...</summary>
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    </author>
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    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[GAMESSの入力ファイル作成パネルが新規に追加され、構造最適化計算の過程をアニメーション表示する画面にGradient表示を追加。MOPAC2007のmgfファイルを読み込んで分子軌道表示できるように(但しd軌道を含むものについては表示できないので、Jmolのスクリプトコンソール用のテキストを表示することで代替しています)。
Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>

]]>
        
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    <title>【お詫び】GAMESS用D&amp;Dバッチファイルの公開中止</title>
    <link rel="alternate" type="text/html" href="http://pc-chem.info/2008/02/gamessdd_2.html" />
    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=269" title="【お詫び】GAMESS用D&amp;Dバッチファイルの公開中止" />
    <id>tag:pc-chem.info,2008://3.269</id>
    
    <published>2008-02-18T11:59:03Z</published>
    <updated>2008-02-18T12:13:33Z</updated>
    
    <summary>今年の2月10日より2月12日まで、本ページ上で公開しておりましたGAMESS用...</summary>
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    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[今年の2月10日より2月12日まで、本ページ上で公開しておりましたGAMESS用D&Dバッチファイルについて、そのオリジナルを作成されたFacio開発者より(1)明らかに自らの作成したバッチファイルを基に作成されているにもかかわらず、そのことがどこにも書かれていない(2)バッチファイル自体に全く不要の機能があり、逆に重要な機能が実装されていない(3)そのようなファイルが、オリジナルと殆ど同じファイル名で公開されており、ユーザーを混乱させる　という3点に非常に問題があるとの指摘を受け、公開を中止することとしました。

関係各位に多大なご迷惑をお掛けしましたこと、深く陳謝致します。

なお、この件に関わる私とFacio開発者とのやりとり(公開中止に至る経緯)は、<a href="http://pc-chem.info/2008/02/gamessdd.html">こちら</a>で公開しておりますので、適宜ご参照下さい。

※D&Dできるファイル数の制限を無くす方法等については、単独でいずれどこかにまとめたいと考えております(誰にでもできる簡単なことではありますが)。]]>
        
    </content>
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    <title>Molekel 5.3.0 (2008/02/13)</title>
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    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=267" title="Molekel 5.3.0 (2008/02/13)" />
    <id>tag:pc-chem.info,2008://3.267</id>
    
    <published>2008-02-13T22:45:27Z</published>
    <updated>2008-02-13T22:50:04Z</updated>
    
    <summary>IR/ラマンスペクトルの描画&amp;PDF保存や、アンチエイリアス表示のサポート、mu...</summary>
    <author>
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    </author>
            <category term="(X-00)更新情報" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[IR/ラマンスペクトルの描画&PDF保存や、アンチエイリアス表示のサポート、multi-molecule Gamess inputへの対応、分子軌道描画の際の透過度や色の指定を可能にするなどなど。

Download ⇒ <a href="http://www.bioinformatics.org/molekel/wiki/">Home Page -Molekel</a>]]>
        
    </content>
</entry>
<entry>
    <title>GAMESSのD&amp;D実行バッチファイル</title>
    <link rel="alternate" type="text/html" href="http://pc-chem.info/2008/02/gamessdd.html" />
    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=266" title="GAMESSのD&amp;D実行バッチファイル" />
    <id>tag:pc-chem.info,2008://3.266</id>
    
    <published>2008-02-10T14:42:04Z</published>
    <updated>2008-02-19T14:01:55Z</updated>
    
    <summary>GAMESS(WinGAMESS, PC GAMESS)のD&amp;D実行用バッチファ...</summary>
    <author>
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        <uri>http://3016.net/</uri>
    </author>
            <category term="(Y-00)告知" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[GAMESS(WinGAMESS, PC GAMESS)のD&D実行用バッチファイルを、新たに作成しました。
FacioやWinGAMESSに同様のバッチファイルがすでに同梱されており、利用されている方も多いかと思いますが、私が作成したものは、これとは3点異なります。

(1) 入力ファイル数は無制限
(2) ファイル名から並列処理/逐次処理を判別して実行
(3) WinGAMESSについては、入力ファイルの改行コードを変換してから実行

3については、同梱のdos2unixを使っています。batファイルとパスを合せた上でお使い下さい。
なお、このファイルの利用はあくまで自己責任でお願いします。

<s>最新版(v1.1)ダウンロード</s>(一時的に公開を中止しています)

更新履歴は↓下記リンクに記載しています。]]>
        ◆更新履歴◆
2008/02/10
　v1.0公開
2008/02/11
　同梱のUNIX2DOS.EXEをDOS2UNIX.EXEに入れ替え(ただの凡ミスです)
2008/02/12
　v1.1公開：「&quot;」で自動的にくくられるパス(Document and Settingなど)の処理に関する不具合修正
　(これにより、batファイルとinpファイルをどこに置いてもD&amp;Dで実行可能になりました)
    </content>
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    <title>Facio Ver.11.3.1 (2008/02/10)</title>
    <link rel="alternate" type="text/html" href="http://pc-chem.info/2008/02/facio_ver1131_20080210.html" />
    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=264" title="Facio Ver.11.3.1 (2008/02/10)" />
    <id>tag:pc-chem.info,2008://3.264</id>
    
    <published>2008-02-10T06:26:33Z</published>
    <updated>2008-02-10T06:28:48Z</updated>
    
    <summary>FMO計算用の機能が更に強化。フラグメントを作成するアルゴリズムの改良や、糖鎖の...</summary>
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        <name>s2k</name>
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            <category term="(X-00)更新情報" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[FMO計算用の機能が更に強化。フラグメントを作成するアルゴリズムの改良や、糖鎖のフラグメント自動生成、マルチレイヤーFMO計算などの設定が可能に。

Download ⇒ <a href="http://www1.bbiq.jp/zzzfelis/">ぐう猫工房</a>]]>
        
    </content>
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    <title>Winmostar V.3.70 (08/01/25)</title>
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    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=263" title="Winmostar V.3.70 (08/01/25)" />
    <id>tag:pc-chem.info,2008://3.263</id>
    
    <published>2008-02-10T06:22:30Z</published>
    <updated>2008-02-10T06:25:30Z</updated>
    
    <summary>Gaussian, GAMESSの構造最適化計算を実行している間に、出力ファイル...</summary>
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        <name>s2k</name>
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            <category term="(X-00)更新情報" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[Gaussian, GAMESSの構造最適化計算を実行している間に、出力ファイルを読み込んで構造変化をモニタリングできるように(重要な更新！)。IR/ラマンスペクトルの描画で行われていた無駄な重ね描きをしないように修正。他にいくつか不具合修正等。

Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>]]>
        
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    <title>Winmostar V.3.69 (08/01/03)</title>
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    <id>tag:pc-chem.info,2008://3.257</id>
    
    <published>2008-01-03T16:28:21Z</published>
    <updated>2008-01-03T16:31:23Z</updated>
    
    <summary>2D表示で多重結合を表示できるように。クリーンの際に結合長が一部おかしくなる不具...</summary>
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        <name>s2k</name>
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            <category term="(X-00)更新情報" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[2D表示で多重結合を表示できるように。クリーンの際に結合長が一部おかしくなる不具合，PDBの読み込みに関する不具合など、いくつか重要な修正も。

Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>]]>
        
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    <title>サイエンスアゴラ2007、ご来場ありがとうございました。</title>
    <link rel="alternate" type="text/html" href="http://pc-chem.info/2007/12/2007.html" />
    <link rel="service.edit" type="application/atom+xml" href="http://port3016.sakura.ne.jp/mt/mt-atom.cgi/weblog/blog_id=3/entry_id=255" title="サイエンスアゴラ2007、ご来場ありがとうございました。" />
    <id>tag:pc-chem.info,2007://3.255</id>
    
    <published>2007-12-08T15:44:35Z</published>
    <updated>2007-12-08T15:52:32Z</updated>
    
    <summary>二週間遅れのご挨拶ですが、サイエンスコミュニケーション・イベント「サイエンスアゴ...</summary>
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        <name>s2k</name>
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            <category term="(Y-00)告知" />
    
    <content type="html" xml:lang="ja" xml:base="http://pc-chem.info/">
        <![CDATA[二週間遅れのご挨拶ですが、サイエンスコミュニケーション・イベント「<a href="http://scienceportal.jp/scienceagora/">サイエンスアゴラ2007</a>」にご来場下さった方々、本当にありがとうございました。3日目(11/25)の午前中に登壇したわけですが、用意した席もぴったり埋まりまして、最後に若干の拍手も頂けてほっとしております。
私の発表では配布資料を作成することができず、申し訳ありませんでした。補足にはやや不足かもしれませんが、<a href="http://pc-chem.info/sa07si/">要点をまとめたページを作成しました</a>。対象がはっきりしない、イマイチな構成なのですが…

最後に、このような貴重な機会を与えてくださった「<a href="http://www.ecosci.jp/">生活環境化学の部屋</a>」の本間さん、そして「<a href="http://www.ecosci.jp/sa07/">分子計算と視覚化研究会</a>」のメンバーに感謝いたします。]]>
        
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