mopac606_exe.zip
(Windows用実行ファイル(Cygwin/g77でコンパイル), 重原子80/水素原子100)
mopac606_src_diff.zip
(改変・追加した差分ソースコード)
linux_runscript.zip
(linux用入出力補助シェルスクリプト)

MOPAC 6.06とは

Yale大学のJorgensenらによるPDDG (Pairwise Distance Directed Gaussian)法追加版MOPAC 6を基に、同グループから発表された追加のPDDG/PM3パラメータを加え、いくつかの機能追加・バグフィックスを施したのがMOPAC 6.06です。発案およびPDDG/PM3パラメータ追加は佐々木(pc-chem.info)が、.mgf出力やいくつかのバグ修正等は千田(tencube)が実施しました。

・既報の全PDDG/PM3パラメータを収載(H, C, N, O, F, Si, P, S, Cl, Br, I)
　※PDDG/MNDOはオリジナルソースコードに記述済みのC, H, N, Oのみ

分子セット	MAE of HOF (kcal/mol)
	AM1	PM3	PDDG/PM3
CHNO	6.7	4.4	3.2
halogens	11.1	8.1	5.6
Si	11.7	11.1	11.9
P	18.2	21.5	17.9
S	10.6	10.5	6.4
All	10.8	8.7	6.5

・Jmol等で可視化できるFormatted Graphic File (.mgf)の出力が可能
・.arcファイルの電荷の出力バグを修正

公開・利用・再配布条件

・元プログラムに従い、PDS (Public Domain Software)と同様の条件に従うものとします。
　(現行の日本国内の法律では著作権を放棄できませんが、自由な改変・配布を認めます)
・改変したものを公開する際は、ソースコードも公開して下さい。

参考文献/URL

○オリジナルソースコード
・MOPAC 6 (http://server.ccl.net/cca/software/SOURCES/FORTRAN/mopac6_sources/)
・PDDG (http://zarbi.chem.yale.edu/doc/pddg/)
※PDDGのソースコードの利用については原著者に連絡の上、了承済みです。
○文献
・PDDG (C, H, N, O): J. Comput. Chem. 2002, 23, 1601-1622.
・PDDG (Si, P, S): J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 817-823.
・PDDG (F, Cl, Br, I): J. Comput. Chem. 2004, 25, 138-150.

簡易マニュアル

(1)コンパイル方法
1-0. Windowsならcygwinを導入し、g77が使えるのが前提。Linuxでもg77が使えるのが前提。
1-1. ここからMOPAC 6のソースコードをダウンロードし、任意のフォルダに展開する。
1-2. ここからPDDG差分ソースコードをダウンロードし、先のフォルダに上書きする。
1-3. mopac606_src_diff.zipをダウンロードし、先のフォルダに上書きする。
1-4. コマンドライン(cygwin/bashかLinuxの端末)でmakeを実行。
1-5. フォルダ内にmopac606.exeが生成する。
※「SIZES」というファイル内のMAXHEV, MAXLITの値を変更することで、扱える原子数を変更できます
(2)計算の実行方法
2-a. 実行ファイルと同じフォルダ内に入力ファイルを「FOR005」というファイル名で作成し、実行ファイルを起動する。
2-b. Windows上でWinmostarから利用可能。適当なフォルダに実行ファイルを入れ、Winmostarのメニュー[その他]→[パスの設定]で指定する。

2-c. Linux上での入出力処理にはこちらのシェルスクリプト(bashで記述)も利用可能。
(3)追加機能のキーワード
3-a. PDDG/PM3で計算を行うには「PDG」、PDDG/MNDOで計算を行うには「MDG」を指定。
3-b. Formatted Graphic Fileは「GRAPH」「GRAPHF」どちらのキーワードでも出力される。

連絡先

MOPAC 6.06管理ML mopac606[at]pc-chem.info
※本プログラムに関するご意見・ご質問等は全て上記アドレスへお願いいたします。

NBO 3.0の統合について

CCLに、現在広く使われている密度解析プログラム「NBO (Natural Bond Orbital)」の旧版(ver.3.0)が公開されています。
http://server.ccl.net/cca/software/MS-WIN95-NT/mopac6/
このソースコードを、MOPAC 6.06に統合することができます。

注意事項

NBO 3.0は、すでにサポート外となっている古いプログラムです。バグがいくつか残されていることも明らかになっていますので、利用は自己責任でお願いします。原著者のF. Weinhold教授(Wisconsin大)への問い合わせは避けることと、サポートを受けたい場合は最新版のNBO5を購入されることをお勧めします。

NBO 3.0の統合方法

1. 上記URLからNBO 3.0のソースコード(Executable with NBO & Sources)をダウンロードし、任意のフォルダに展開する。
2. mopnbo.fの5872行目「DIMENSION BASIS(4)」を「CHARACTER*4 BASIS(4)」に変更し、「NBREAD」と「NBWRIT」サブルーチンをそれぞれ「nbread.f」「nbwrit.f」として別ファイルに切り離す。
3. MOPAC 6.06のソースコードにmopnbo.f, nbread.f, nbwrit.fを追加する。(writenbo.fは必要ない)
4. writmo.fの502行目のコメントマーク(行先頭の"C")を半角スペースに置換し「CALL RUNNBO」を有効化。
5. Makefileの変数OBJの末尾(「xyzint.o \」の後ろ)に「mopnbo.o \」「nbread.o \」「nbwrit.o」の3行を追加。
6. makeを実行。
以上の作業で、NBO 3.0をMOPAC 6.06に統合することができます。

NBO 3.0の起動方法

NBO解析を行うには、座標指定の後に一行空けて「$NBO $END」。$NBOと$ENDの間にキーワードを挿入してオプション指定が可能。(詳しくはこちらのマニュアルを参照)

計算化学において取り扱いの難しい化学種に「ビラジカル」があります。よく知られているビラジカルといえば酸素分子がありますが、他にも実際に観測されたものや理論的に考えられるものがいろいろあります。これらは1重項・3重項ともに閉殻状態の理論(RHF)では取り扱うことができません。1重項なのに閉殻じゃない、というと変な感じがしますが、実際に1重項ビラジカルは観測されていますし(酸素分子は基底状態が3重項ですが、1重項酸素も光反応等において重要な役割を果たしています)、最も長寿命の1重項ラジカルは日本で生み出されました(広島大・安倍研)。
1重項ビラジカルのような特殊な電子構造を扱うには、複数の電子配置を一緒に考慮する手法が必要です。多数の電子配置を参照する理論を「多参照理論」と呼びますが、ここではGAMESSを使って、そのような理論の一つ「CASSCF(完全活性空間多配置SCF)」の簡単な計算例をお示しします。

Fig.1 エチレン二量体の構造

今回は、よく知られている直鎖形エチレン二量体(Fig.1)の1重項での安定構造と、二量化の遷移状態について計算を実施します。
まず、エチレン二量体の初期構造を作成します。この分子はD2hの対称性をもっており、Z-matrixで簡単に記述できます。私の記述例を以下に示します。

ナンバリングはFig.1の通りになっています。この構造を出発点に、計算を進めていくことにします。まず、単純にここから対称性を保ったままRHFやUHFで構造最適化するとどうなるでしょうか。

RHFでの構造最適化計算の入力例

Fig.2 RHFでは解離する

UHFの場合は$CONTRLのSCFTYPをRHF→UHFに変えるだけです。
この計算は基底関数がSTO-3Gということもあり、すぐに終わります。結果を可視化ソフトで見ると…Fig.2のように、エチレン2分子に解離してしまいます。図はRHFの結果ですが、UHFでも同じ結果になります。二量体の構造は得られません。

では、CASSCFではどうでしょうか。

CASSCFの入力作成・構造最適化

CASSCFのような多配置SCFでは、計算成功の可否に初期軌道の質が大きく関わります。GAMESSでは、デフォルトで初期軌道をHuckel法により作成しますが、予めRHF等で収束した軌道を初期軌道に用いたほうが計算がスムーズに進行することが多いです。また、初期軌道をRHF等で作成する際に、同時にどの軌道を活性空間(AS)に取り込むかを調べます。
先のRHFによる構造最適化計算で、すでに初期構造の軌道は得られています(punchファイルの最初のほうに出力されています)が、軌道の可視化や$VECデータのコピーを容易にするため、もう一度1点計算をし直すことにします。

Fig.3 HOMOとLUMO

入力については省略しますが、計算により得られた分子軌道の中で大事なのは、今注目している部位に寄与の大きい軌道です。この例では、HOMO(16)とLUMO(17)(Fig.3)がラジカル電子の配置に大きく関わると考えられますので、この2軌道を活性空間に設定することにします。

CASSCFの入力例を以下に示します。

まず$CONTRLでSCFTYP=MCSCFとします。これが無ければ始まりません。これに対応するのが$MCSCFで、ここでCIのやり方を選び(CISTEP=ALDET)、またSCFのオプションを選択したりします。CASSCFを実行するに当たって、一番直感的に入力を作成できるのがALDETですので(これは私の主観ですが)、ここではそれを選択しています。他にGUGAやORMASなどが選択でき、これらもよく使われます。

Fig.4 CASSCF(2,2)の最適化構造


Fig.5 2つの非結合性軌道

CISTEP=ALDETに対応するのが$DETで、ここで活性空間の設定をします。NCOREは励起配置に取り込まない被占軌道の数、NACTは活性軌道の数、NELSは活性軌道に配置する電子数です。これで、一般によく書かれる「CASSCF(2,2)」を指定したことになります。GROUPは点群で、通常は$DATAグループから引用されますが、$DETで指定できるのは点群の中でもアーベル群(C1, Ci, Cs, C2, C2v, C2h, D2, D2h)だけです。ISTSYMは解く状態の対称性を指定します。指定は数字ですが、これはマニュアルに従います。上記の例はC2hですが、この場合1=Ag, 2=Bu, 3=Bg, 4=Auとなり、基底状態の計算ですので1を指定します(励起状態ではそれぞれに応じた数字を指定します)。NSTATEは解く電子状態の数、WSTATEは各電子状態の重み付けを表す配列です(ここでは1つの状態しか解かないのでこのようになっていますが、励起状態の計算等で複数の電子状態を解いてその内下から2番目の状態を使うような場合は、NSTATE=5 WSTATE(1)=0,1,0,0,0のように記述したりします)。

$GUESSでGUESS=MOREADとし、初期軌道として$VECを指定します。NORBで$VECに含まれる軌道数($VECの行頭の数字、事前に軌道を確認する際、全軌道数も同時にチェックするとよい)を指定します。$VECは、RHF一点計算のpunchファイルからコピーします(PC GAMESSのオフィシャルサイトで配布されている入出力ファイル処理インタプリタ「JOB」を使うと作業を簡単にできます)。 また、$SYSTEMでMEMDDIを指定していますが、MCSCFで解析的にHessianを計算する場合はMEMDDIが必要になります(マニュアルを参照して下さい)。

この計算の結果、Fig.4のような構造が得られます。最適化されたMCSCF自然軌道を可視化すると、二つの電子がほぼ一つずつ同じエネルギーレベルの非結合性軌道(縮退した軌道)に入っていることがわかります(Fig.5)。振動解析からも、これが停留点であることが確認できます。出力ファイルには、電子配置と最適化されたCI係数も出力されています(下記)。

遷移状態の最適化とIRC計算

無事1重項のエチレン二量体の構造を得て、その電子構造も把握することができました。エチレン2分子からこの構造は生成すると考えられますから、次にその中間の構造…遷移状態を探索することにします。

上記計算で最適化された構造のZ-matrixの中で、中央のC-C結合を2.0Åに変更し、再度RHFの一点計算を実施します。

得られた初期軌道(punch内の$VEC)と上記Z-matrixを使って、遷移状態探索の入力を作成します。このケースでは、結合長が伸びたものの活性空間に取り込むべき軌道はHOMOとLUMOで変わっていません。

Fig.6 遷移状態の構造


Fig.7 唯一の虚振動モード

$CONTRLでRUNTYP=SADPOINTとし、$STATPTでHESS=CALCとしています(小さな分子であれば、HESS=CALCでも時間はかかりませんが、大きい分子でこれをやると非常に時間がかかるため、その場合は別途低いレベルのモデル化学でHessian計算をしてHESS=READとした方が賢明です)。

この計算の結果、Fig.6のような構造が遷移状態として得られます。この構造はFig.7のような唯一つの虚振動モード(1104.58i cm^-1)を有し、意図した反応の遷移状態であることが裏付けられます。

遷移状態が得られましたので、そこから原系・生成系に向かうIRCを辿ることができます。この計算で静的な反応経路がはっきりとしたものになります。入力は例えば以下のようになります。

$CONTRLでRUNTYP=IRCとし、これに対応する$IRCを記述します。SADDLEは、入力構造が遷移状態であることを示し、NPOINTは何点までIRC上を進むかです(その遷移状態が正しく原系と生成系を結んでいるかを確かめるためなら、多くはいらないはず)。FORWRDは$HESSの虚振動モードにしたがって変位させるか(true)、その逆に変位させるか(false)で、ここだけが異なる2つの入力ファイルを作成して実行することで、遷移状態の両サイドへIRCを辿ることができます。$HESSは先の遷移状態最適化計算のpunchファイルよりコピーします。

Fig.8 IRCに沿った構造変化

結果をアニメーション化したのがFig.8で、2分子のエチレンが接近し、遷移状態を通過してビラジカルを生成する様子が滑らかに再現されています。

[本稿で行った計算の入出力ファイル(casscf.zip, 618 KB)]

注) 本稿で実施した計算はシンプルなモデル化学(CASSCF(2,2)/STO-3G)で実施していますので、定量性は期待できません。ビラジカルの構造も基底関数の改良で変化しますが(特にラジカル周りの平面性など)、ここではその手の話が本筋ではないので割愛しています。