NMR化学シフトの高速計算

2019-01-05 0

分光学的に測定される分子のプロパティの中で、NMR(核磁気共鳴)スペクトルは有機化学者にとって最もなじみ深いものではないでしょうか。化合物の構造決定において、X線結晶構造解析、質量分析と並び極めて重要な位置を占めています。 量子化学計算プロ [→続きを読む]

GFN-xTBを使う

2019-01-02 0

メモ書きです。 最新のORCAにはGrimmeらのGFN-xTBプログラムが同梱されています。実行ファイルとしてはotool_xtbがこれに相当し、非常に高速な構造最適化や振動解析、MD等が実施可能です。-hオプションで簡単なマニュアルは見 [→続きを読む]

ORCAのマイナーバージョンアップ

2017-07-30 0

先週、ORCAのマイナーバージョンアップ(4.0.0.2→4.0.1)がありました。すでに全バイナリがダウンロード可能になっていますので、早速私もアップデートしてみました。 今回のアップデートは機能強化はなく、バグ修正のみということですが、 [→続きを読む]

Psi4もBoWで使える

2017-06-18 0

世に量子化学計算プログラムは沢山ありますが、Windows環境でフリーで利用できるものはそう多くありません。 そんな中、このBlogではBash on Ubuntu on Windowsを使うことでその選択肢を広げられることを紹介してきまし [→続きを読む]

ORCAによる反応解析の基本

2017-05-22 0

ここでは、ORCAを使った反応解析のやり方について、簡単にまとめておきたいと思います。 題材としては、座標が組みやすくシンプルな反応ということで、マロンジアルデヒド(エノラート型)の分子内プロトン移動を取り上げます(下図) 1.安定構造の最 [→続きを読む]

ストレージ性能と計算速度

2017-05-01 0

プログラムはCPUやメモリだけでなく、ストレージも使います。ときにはストレージのI/O性能が足を引っ張って、計算に時間がかかってしまうことも。 私が普段使っているPCには、普通のデータ保存用HDDと、高回転のHDDを2台RAID0に組んだス [→続きを読む]

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