Psi4もBoWで使える

2017-06-18 0

世に量子化学計算プログラムは沢山ありますが、Windows環境でフリーで利用できるものはそう多くありません。 そんな中、このBlogではBash on Ubuntu on Windowsを使うことでその選択肢を広げられることを紹介してきまし [→続きを読む]

ORCAによる反応解析の基本

2017-05-22 0

ここでは、ORCAを使った反応解析のやり方について、簡単にまとめておきたいと思います。 題材としては、座標が組みやすくシンプルな反応ということで、マロンジアルデヒド(エノラート型)の分子内プロトン移動を取り上げます(下図) 1.安定構造の最 [→続きを読む]

ストレージ性能と計算速度

2017-05-01 0

プログラムはCPUやメモリだけでなく、ストレージも使います。ときにはストレージのI/O性能が足を引っ張って、計算に時間がかかってしまうことも。 私が普段使っているPCには、普通のデータ保存用HDDと、高回転のHDDを2台RAID0に組んだス [→続きを読む]

DLPNO-MP2のスケーリング

2017-05-01 0

DLPNO-MP2はRI-MP2とどれくらい違うか比較。 小さい分子は純粋な計算時間以外のオーバーヘッドがあるので、スケーリング算出は時間かかる側5分子のデータを使っています。 RIはconventionalに比べて計算時間が1/10になる [→続きを読む]

ORCA4のGIAO

2017-04-18 0

ORCAはver.4からGIAO法によるNMR化学シフト計算を行うことができます。 恒例のベンチマークとして、StrychnineとTriamcinolone Acetonideの2分子の計算をしてみました。 構造最適化はPBE0/Def2 [→続きを読む]

IDISP再訪

2017-04-10 0

GMTKN30データセットのIDISPサブセットを、ORCA4.0.0.2のDLPNOで計算してみました。 MP2は速いですが、F22f/F22lの符号が逆転してしまってます。

小さなタンパクのエネルギー計算

2017-03-28 0

ORCA 4.0.0では大きな分子でも高精度計算が可能になってきていて、タンパク質レベルのサイズでもMP2計算ができます。 手頃なところで、PDBに登録されているCyclotideの1種(3E4H)を例にやってみました。 水分子を取り除いた [→続きを読む]

筆者のハード/ソフト環境

2017-03-27 0

◆2017/3/27現在 64GBという比較的大容量メモリを運用を数年行っていますが、特にエラーもなく安定しています。CPU温度は最高で75 ℃程度、通常はピーク時でも70 ℃前後です(簡易水冷)。 Scratch diskとしてSamsu [→続きを読む]

ORCA ver.4.0.0リリース

2017-03-20 0

ORCAの最新版がリリースされましたね。 今回のアップデートはかなり大きなもので、release notesを見るだけでもwkwkします。 しかし、ダウンロードが重くて失敗しまくります。 まったり待ちましょう。

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