DLPNO-MP2のスケーリング

2017-05-01 0

DLPNO-MP2はRI-MP2とどれくらい違うか比較。 小さい分子は純粋な計算時間以外のオーバーヘッドがあるので、スケーリング算出は時間かかる側5分子のデータを使っています。 RIはconventionalに比べて計算時間が1/10になる [→続きを読む]

ORCA4のGIAO

2017-04-18 1

ORCAはver.4からGIAO法によるNMR化学シフト計算を行うことができます。 恒例のベンチマークとして、StrychnineとTriamcinolone Acetonideの2分子の計算をしてみました。 構造最適化はPBE0/Def2 [→続きを読む]

IDISP再訪

2017-04-10 0

GMTKN30データセットのIDISPサブセットを、ORCA4.0.0.2のDLPNOで計算してみました。 MP2は速いですが、F22f/F22lの符号が逆転してしまってます。

小さなタンパクのエネルギー計算

2017-03-28 0

ORCA 4.0.0では大きな分子でも高精度計算が可能になってきていて、タンパク質レベルのサイズでもMP2計算ができます。 手頃なところで、PDBに登録されているCyclotideの1種(3E4H)を例にやってみました。 水分子を取り除いた [→続きを読む]

筆者のハード/ソフト環境

2017-03-27 1

◆2018/12/30現在 64GBという比較的大容量メモリを運用を数年行っていますが、特にエラーもなく安定しています。CPU温度は最高で75 ℃程度、通常はピーク時でも70 ℃前後です(簡易水冷)。 Scratch diskとしてSams [→続きを読む]

ORCA ver.4.0.0リリース

2017-03-20 0

ORCAの最新版がリリースされましたね。 今回のアップデートはかなり大きなもので、release notesを見るだけでもwkwkします。 しかし、ダウンロードが重くて失敗しまくります。 まったり待ちましょう。

EMSL Arrows

2016-10-12 0

何ですか、このお手軽計算システム……! http://www.nwchem-sw.org/index.php/EMSL_Arrows# 専用のメールアドレス(arrows@emsl.pnnl.gov)に一定の書式で計算のオーダーを書いて送る [→続きを読む]

Firefly 8.2.0リリース

2016-09-23 0

いつのまにか、Fireflyのマイナーバージョンアップが行われていたようです(8.2.0)。メールで一斉に連絡がありましたが、Newsの方を更新してなきゃ気づきませんてこれ(笑 さて、8.1.1から8.2.0になって、RI-MP2が使えるよ [→続きを読む]

Bash on Ubuntu on Windows 10

2016-05-02 1

Windows Insiders PreviewのBuild 14316から、「Bash on Ubuntu on Windows 10」を試すことができるようになりました。 というわけで、早速使ってみました。 apt-getでいろいろイン [→続きを読む]

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