ORCA使ってる人オルカ?

2007-08-27 0

[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] ちょっと前に、GAMESS MLでORCAという名前のプログラムが出てきました。聞いたことがなかったので調べてみたら、ドイツ・ボン大のグループによって開発されているab in [→続きを読む]

有機化学者にとって身近な謎?

2007-06-16 0

[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 有機化学実験をやったことのある人なら、必ず1回は分液操作をしたことがあると思います。 普通、分液というと水―有機溶媒系がほとんどで、よく有機溶媒としてエーテル(ジエチルエーテ [→続きを読む]

回転障壁の計算

2007-05-13 0

有機化学の教科書で最初に出てくるエネルギープロファイル(反応座標とエネルギーを軸にとったグラフ)は、おそらくアルカンの回転障壁に伴うエネルギー変化だと思います。単結合まわりは、sp3軌道の軸対称の為に回転の自由度が高いですが、それでも回転に [→続きを読む]

酸性度の計算

2007-05-07 0

「酸性度」というと、色々な無機酸・有機酸の水中でのpKa値を想定される方が多いと思います。よく有機化学では、電子求引性置換基により酸性度が増強されるとか、共鳴構造が多く描けると酸性度が高いなどといった議論がされますが、これらは多くの場合水中 [→続きを読む]

Counterpoise補償法によるBSSEの見積

2007-05-05 0

分子間の相互作用は、計算化学が扱う主要な問題の一つです。単純に考えると、例えばAという分子とBという分子が相互作用してABという錯体を形成する場合、A,Bが単独で存在したときのエネルギーと錯体ABのエネルギーを比較して、その相互作用がどれぐ [→続きを読む]

有機金属錯体の構造最適化

2007-05-01 0

有機合成化学は、Vaska型錯体に代表される有機遷移金属錯体の発見から数十年の時を経て、ようやくその恩恵にあずかることができるようになりました。有機金属とは、炭素-金属結合を有する化合物の総称で、特に、遷移金属との錯体を有機遷移金属錯体と称 [→続きを読む]

“JOB”って何か知ってます?

2007-03-09 0

[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 最近、PC GAMESSのページのNewsで「JOB」という入出力ファイル操作用マクロが公開されました。これ、なかなか楽しいです。いくつかの実例が同梱されてますが、G2に代表 [→続きを読む]

PC GAMESS 7.0.4 の並列PCMテスト

2007-02-17 0

[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 昨日、PC GAMESSの新しいテスト版7.0.4が登録ユーザー向けにリリースされました。7.0.3から組み込まれた並列化PCMとO汎関数に興味があるところで、まずはPCM計 [→続きを読む]

UFFを使えるフリーソフト・ArgusLab

2007-01-11 0

[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] TINKERでUFFが使えればいいのに…とずっと考えているのですが、UFFを使って遷移金属錯体の構造最適化を行うことができるフリーソフトがありました。ArgusL [→続きを読む]

GAMESSでQM/MM計算

2007-01-03 0

非常に大きな分子を計算するとき、その計算時間を削減する方法としてQM/MM法が現在有力な方法の一つとなっています。大きな分子においては全ての原子が重要ではなく、多くの原子は立体的な影響のみで、電子状態が重要な寄与を果たすのは一部であるという [→続きを読む]

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