小さなタンパクのエネルギー計算

ORCA 4.0.0では大きな分子でも高精度計算が可能になってきていて、タンパク質レベルのサイズでもMP2計算ができます。

手頃なところで、PDBに登録されているCyclotideの1種(3E4H)を例にやってみました。
水分子を取り除いた本体で分子式がC122H184N34O40S6、アミノ酸29残基の環状ペプチドです。

こんな入力で、計算時間約12時間で堂々の正常終了でした。いけるもんですねぇ。

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