小さなタンパクのエネルギー計算

2017-03-28 0

ORCA 4.0.0では大きな分子でも高精度計算が可能になってきていて、タンパク質レベルのサイズでもMP2計算ができます。 手頃なところで、PDBに登録されているCyclotideの1種(3E4H)を例にやってみました。 水分子を取り除いた [→続きを読む]

ORCA ver.4.0.0リリース

2017-03-20 0

ORCAの最新版がリリースされましたね。 今回のアップデートはかなり大きなもので、release notesを見るだけでもwkwkします。 しかし、ダウンロードが重くて失敗しまくります。 まったり待ちましょう。

EMSL Arrows

2016-10-12 0

何ですか、このお手軽計算システム……! http://www.nwchem-sw.org/index.php/EMSL_Arrows# 専用のメールアドレス(arrows@emsl.pnnl.gov)に一定の書式で計算のオーダーを書いて送る [→続きを読む]

Firefly 8.2.0リリース

2016-09-23 0

いつのまにか、Fireflyのマイナーバージョンアップが行われていたようです(8.2.0)。メールで一斉に連絡がありましたが、Newsの方を更新してなきゃ気づきませんてこれ(笑 さて、8.1.1から8.2.0になって、RI-MP2が使えるよ [→続きを読む]

Bash on Ubuntu on Windows 10

2016-05-02 1

Windows Insiders PreviewのBuild 14316から、「Bash on Ubuntu on Windows 10」を試すことができるようになりました。 というわけで、早速使ってみました。 apt-getでいろいろイン [→続きを読む]

MP4のnumerical gradient

2016-01-04 0

Fireflyはver.8からnumerical gradientが実装されています。 どのプログラムでも大体実装されている機能ですが、ver.8からとは意外ですね。これを使えば、analytical gradientが実装されていないMP [→続きを読む]

年末年始は貴重な時間

2016-01-02 0

いつもこの時期に何か記事を上げている気がしますね。 ここのところ、RDkitの使い方を少しずつ勉強していたり、Prirodaの最新版のテストをしていたり。RDkitについては配座発生が中心ですが、どうも結果が変で試行錯誤中…… Python [→続きを読む]

今後の記事予告

2015-05-10 0

今後投稿(一部再投稿)していく予定のものを列挙。 Gabeditの使い方 励起状態の計算 芳香族性の見積もり BSSE 酸化的付加-還元的脱離 溶媒効果の考慮 Model chemistryの選択

GAMESS(2014R1)のコンパイル

2015-03-28 0

現在GAMESS(US)の最新版は2014.12.5(R1)ですが、windows用バイナリはまだ公開されていません。 いろいろ気になる追加もあるので、自分でコンパイルしてみました。 コンパイルはPGI Workstation 14.10を [→続きを読む]

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