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      <title>pc-chem.info</title>
      <link>http://pc-chem.info/</link>
      <description>Desktop Chemistry on Windows PC.</description>
      <language>ja</language>
      <copyright>Copyright 2008</copyright>
      <lastBuildDate>Mon, 05 May 2008 16:02:05 +0900</lastBuildDate>
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      <docs>http://blogs.law.harvard.edu/tech/rss</docs> 

            <item>
         <title>Winmostar V.3.73 (08/05/04)</title>
         <description><![CDATA[同梱のMOPAC 6でgraphを指定すると、.gptだけでなく.mgfも出力されるようになってます。また、MOPACのSTEP/POINT計算やGaussianのScan計算の読み込みに対応。他にいくつか細かい追加・修正あり。

Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>
]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/05/winmostar_v373_080504.html</link>
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         <category>(X-00)更新情報</category>
         <pubDate>Mon, 05 May 2008 16:02:05 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>1重項ビラジカルの構造と遷移状態探索</title>
         <description><![CDATA[<p>
有機化学の世界においては、対象となる分子の多くは閉殻分子で、かつ反応機構も極性機構で捉えられています。しかし、その枠組みから外れる分子や反応機構も数多く知られています。今後、電子構造や反応機構が見直されていくものもあるでしょう。
</p>
<p>
計算化学において取り扱いの難しい化学種に「ビラジカル」があります。よく知られているビラジカルといえば酸素分子がありますが、他にも実際に観測されたものや理論的に考えられるものがいろいろあります。これらは1重項・3重項ともに閉殻状態の理論(RHF)では取り扱うことができません。1重項なのに閉殻じゃない、というと変な感じがしますが、実際に1重項ビラジカルは観測されていますし(酸素分子は基底状態が3重項ですが、1重項酸素も光反応等において重要な役割を果たしています)、最も長寿命の1重項ラジカルは日本で生み出されました(<a href="http://home.hiroshima-u.ac.jp/tenyu/">広島大・安倍研</a>)。<br />
1重項ビラジカルのような特殊な電子構造を扱うには、複数の電子配置を一緒に考慮する手法が必要です。多数の電子配置を参照する理論を「多参照理論」と呼びますが、ここではGAMESSを使って、そのような理論の一つ「CASSCF(完全活性空間多配置SCF)」の簡単な計算例をお示しします。
</p>]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/05/1.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/05/1.html</guid>
         <category>(B-02)反応機構解析</category>
         <pubDate>Mon, 05 May 2008 15:26:07 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>GAMESS 11 APR 2008 (R1) (2008/04/11)</title>
         <description><![CDATA[GAMESSの新バージョンが今月公開(Webに反映されたのは昨日?)。
DFTの汎関数がいくつか追加(TruhlarらのM05/M06が中心)。TDDFT gradientをサポート。Open Shell CC(energy)をサポート。高精度エネルギー法G3(MP2, CCSD(T))をサポート。他にもいろいろ。

<img alt="WG0804r1.jpg" src="http://pc-chem.info/WG0804r1.jpg" width="250" height="203" />

Download ⇒ <a href="http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/">Gordon Group/GAMESS Homepage</a>]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/04/gamess_11_apr_2008_r1_20080411.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/04/gamess_11_apr_2008_r1_20080411.html</guid>
         <category>(X-00)更新情報</category>
         <pubDate>Tue, 29 Apr 2008 21:03:44 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>Winmostar V.3.72 (08/04/14)</title>
         <description><![CDATA[3Dでの分子軌道表示にメッシュタイプを追加(下図)。各種計算プログラムの静電ポテンシャルや双極子モーメントの表示に対応。Gaussianの振動計算におけるVCDの可視化に対応。MOS-F 4.2に対応。他にJmolとの連携強化など。
<a href="http://pc-chem.info/winmos_372.jpg"><img alt="winmos_372.jpg" src="http://pc-chem.info/winmos_372-thumb.jpg" width="186" height="200" /></a>

Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>
]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/04/winmostar_v372_080414.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/04/winmostar_v372_080414.html</guid>
         <category>(X-00)更新情報</category>
         <pubDate>Mon, 14 Apr 2008 21:24:27 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>Facio Ver.11.5.1 (2008/04/13)</title>
         <description><![CDATA[FMO計算から得られる重要な知見の一つ、フラグメント間相互作用エネルギー分割(PIEDA:Pair Interaction Energy Decomposition Analysis)の可視化が前バージョンより実装されています。
<a href="http://pc-chem.info/Facio_PIEDA.jpg"><img alt="Facio_PIEDA.jpg" src="http://pc-chem.info/Facio_PIEDA-thumb.jpg" width="300" height="193" /></a>

Download ⇒ <a href="http://www1.bbiq.jp/zzzfelis/">ぐう猫工房</a>
]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/04/facio_ver1151_20080413.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/04/facio_ver1151_20080413.html</guid>
         <category>(X-00)更新情報</category>
         <pubDate>Mon, 14 Apr 2008 21:18:38 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>Windows Vista x64での動作状況一覧</title>
         <description>Windows Vista x64 (SP1)での各種プログラムの動作状況をここに記載していきます。
私が確認できたものを随時公開していくのは勿論、ご覧の方で自分のところで動作確認が取れたというものも、メールorこの記事へのコメントでお寄せ頂ければと思います。
各プログラムのすべての機能を確認するのは難しく、またハードウェアやドライバ等の環境にも依存しますので、完全動作を保障するものにはならないかと思います。あくまで利用は自己責任で。

[凡例：○＝問題なく動作, △＝一部問題あり, ×＝重大な問題あり(使用に耐えない), x86＝32bit環境(WOW)で動作, x64＝64bit環境で動作]

【アルファベット順】
ArgusLab 4.0.1 × (x86, 分子を回転できない)
Avogadro 0.6.1 ○ (x86)
Facio 11.5.1 ○ (x86)
Jmol 11.4.0 ○ (x86)
MacMolPlt 7.1 △ (x86, 分子を回転させるときにもたつく)
Molekel 5.3.0 × (x86, GAMESSの出力読み込み時に落ちる)
OpenBabel 2.1.1 ○ (x86)
ORCA 2.6.35 ○ (x86)
PC GAMESS 7.1.5 ○ (x86)
WinGAMESS 08 ○ (x86)
Winmostar 3.71L ○ (x86)



</description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/04/windows_vista_x64.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/04/windows_vista_x64.html</guid>
         <category>(Y-00)告知</category>
         <pubDate>Sun, 13 Apr 2008 21:50:59 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>Winmostar V.3.71 (08/02/19)</title>
         <description><![CDATA[GAMESSの入力ファイル作成パネルが新規に追加され、構造最適化計算の過程をアニメーション表示する画面にGradient表示を追加。MOPAC2007のmgfファイルを読み込んで分子軌道表示できるように(但しd軌道を含むものについては表示できないので、Jmolのスクリプトコンソール用のテキストを表示することで代替しています)。
Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>

]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/02/winmostar_v371_080219.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/02/winmostar_v371_080219.html</guid>
         <category></category>
         <pubDate>Tue, 19 Feb 2008 22:50:02 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>Winmostar V.3.71 (08/02/19)</title>
         <description><![CDATA[GAMESSの入力ファイル作成パネルが新規に追加され、構造最適化計算の過程をアニメーション表示する画面にGradient表示を追加。MOPAC2007のmgfファイルを読み込んで分子軌道表示できるように(但しd軌道を含むものについては表示できないので、Jmolのスクリプトコンソール用のテキストを表示することで代替しています)。
Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>

]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/02/winmostar_v371_080219_1.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/02/winmostar_v371_080219_1.html</guid>
         <category>(X-00)更新情報</category>
         <pubDate>Tue, 19 Feb 2008 22:50:02 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>【お詫び】GAMESS用D&amp;Dバッチファイルの公開中止</title>
         <description><![CDATA[今年の2月10日より2月12日まで、本ページ上で公開しておりましたGAMESS用D&Dバッチファイルについて、そのオリジナルを作成されたFacio開発者より(1)明らかに自らの作成したバッチファイルを基に作成されているにもかかわらず、そのことがどこにも書かれていない(2)バッチファイル自体に全く不要の機能があり、逆に重要な機能が実装されていない(3)そのようなファイルが、オリジナルと殆ど同じファイル名で公開されており、ユーザーを混乱させる　という3点に非常に問題があるとの指摘を受け、公開を中止することとしました。

関係各位に多大なご迷惑をお掛けしましたこと、深く陳謝致します。

なお、この件に関わる私とFacio開発者とのやりとり(公開中止に至る経緯)は、<a href="http://pc-chem.info/2008/02/gamessdd.html">こちら</a>で公開しておりますので、適宜ご参照下さい。

※D&Dできるファイル数の制限を無くす方法等については、単独でいずれどこかにまとめたいと考えております(誰にでもできる簡単なことではありますが)。]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/02/gamessdd_2.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/02/gamessdd_2.html</guid>
         <category>(Y-00)告知</category>
         <pubDate>Mon, 18 Feb 2008 20:59:03 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>Molekel 5.3.0 (2008/02/13)</title>
         <description><![CDATA[IR/ラマンスペクトルの描画&PDF保存や、アンチエイリアス表示のサポート、multi-molecule Gamess inputへの対応、分子軌道描画の際の透過度や色の指定を可能にするなどなど。

Download ⇒ <a href="http://www.bioinformatics.org/molekel/wiki/">Home Page -Molekel</a>]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/02/molekel_530_20080213.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/02/molekel_530_20080213.html</guid>
         <category>(X-00)更新情報</category>
         <pubDate>Thu, 14 Feb 2008 07:45:27 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>GAMESSのD&amp;D実行バッチファイル</title>
         <description><![CDATA[GAMESS(WinGAMESS, PC GAMESS)のD&D実行用バッチファイルを、新たに作成しました。
FacioやWinGAMESSに同様のバッチファイルがすでに同梱されており、利用されている方も多いかと思いますが、私が作成したものは、これとは3点異なります。

(1) 入力ファイル数は無制限
(2) ファイル名から並列処理/逐次処理を判別して実行
(3) WinGAMESSについては、入力ファイルの改行コードを変換してから実行

3については、同梱のdos2unixを使っています。batファイルとパスを合せた上でお使い下さい。
なお、このファイルの利用はあくまで自己責任でお願いします。

<s>最新版(v1.1)ダウンロード</s>(一時的に公開を中止しています)

更新履歴は↓下記リンクに記載しています。]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/02/gamessdd.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/02/gamessdd.html</guid>
         <category>(Y-00)告知</category>
         <pubDate>Sun, 10 Feb 2008 23:42:04 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>Facio Ver.11.3.1 (2008/02/10)</title>
         <description><![CDATA[FMO計算用の機能が更に強化。フラグメントを作成するアルゴリズムの改良や、糖鎖のフラグメント自動生成、マルチレイヤーFMO計算などの設定が可能に。

Download ⇒ <a href="http://www1.bbiq.jp/zzzfelis/">ぐう猫工房</a>]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/02/facio_ver1131_20080210.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/02/facio_ver1131_20080210.html</guid>
         <category>(X-00)更新情報</category>
         <pubDate>Sun, 10 Feb 2008 15:26:33 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>Winmostar V.3.70 (08/01/25)</title>
         <description><![CDATA[Gaussian, GAMESSの構造最適化計算を実行している間に、出力ファイルを読み込んで構造変化をモニタリングできるように(重要な更新！)。IR/ラマンスペクトルの描画で行われていた無駄な重ね描きをしないように修正。他にいくつか不具合修正等。

Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/02/winmostar_v370_080125.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/02/winmostar_v370_080125.html</guid>
         <category>(X-00)更新情報</category>
         <pubDate>Sun, 10 Feb 2008 15:22:30 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>Winmostar V.3.69 (08/01/03)</title>
         <description><![CDATA[2D表示で多重結合を表示できるように。クリーンの際に結合長が一部おかしくなる不具合，PDBの読み込みに関する不具合など、いくつか重要な修正も。

Download ⇒ <a href="http://winmostar.com/">Winmostar Home Page</a>]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2008/01/winmostar_v369_080103.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2008/01/winmostar_v369_080103.html</guid>
         <category>(X-00)更新情報</category>
         <pubDate>Fri, 04 Jan 2008 01:28:21 +0900</pubDate>
      </item>
            <item>
         <title>サイエンスアゴラ2007、ご来場ありがとうございました。</title>
         <description><![CDATA[二週間遅れのご挨拶ですが、サイエンスコミュニケーション・イベント「<a href="http://scienceportal.jp/scienceagora/">サイエンスアゴラ2007</a>」にご来場下さった方々、本当にありがとうございました。3日目(11/25)の午前中に登壇したわけですが、用意した席もぴったり埋まりまして、最後に若干の拍手も頂けてほっとしております。
私の発表では配布資料を作成することができず、申し訳ありませんでした。補足にはやや不足かもしれませんが、<a href="http://pc-chem.info/sa07si/">要点をまとめたページを作成しました</a>。対象がはっきりしない、イマイチな構成なのですが…

最後に、このような貴重な機会を与えてくださった「<a href="http://www.ecosci.jp/">生活環境化学の部屋</a>」の本間さん、そして「<a href="http://www.ecosci.jp/sa07/">分子計算と視覚化研究会</a>」のメンバーに感謝いたします。]]></description>
         <link>http://pc-chem.info/2007/12/2007.html</link>
         <guid>http://pc-chem.info/2007/12/2007.html</guid>
         <category>(Y-00)告知</category>
         <pubDate>Sun, 09 Dec 2007 00:44:35 +0900</pubDate>
      </item>
      
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