ORCAのマイナーバージョンアップ

2017-07-30 0

先週、ORCAのマイナーバージョンアップ(4.0.0.2→4.0.1)がありました。すでに全バイナリがダウンロード可能になっていますので、早速私もアップデートしてみました。 今回のアップデートは機能強化はなく、バグ修正のみということですが、 [→続きを読む]

ストレージ性能と計算速度

2017-05-01 0

プログラムはCPUやメモリだけでなく、ストレージも使います。ときにはストレージのI/O性能が足を引っ張って、計算に時間がかかってしまうことも。 私が普段使っているPCには、普通のデータ保存用HDDと、高回転のHDDを2台RAID0に組んだス [→続きを読む]

DLPNO-MP2のスケーリング

2017-05-01 0

DLPNO-MP2はRI-MP2とどれくらい違うか比較。 小さい分子は純粋な計算時間以外のオーバーヘッドがあるので、スケーリング算出は時間かかる側5分子のデータを使っています。 RIはconventionalに比べて計算時間が1/10になる [→続きを読む]

ORCA4のGIAO

2017-04-18 0

ORCAはver.4からGIAO法によるNMR化学シフト計算を行うことができます。 恒例のベンチマークとして、StrychnineとTriamcinolone Acetonideの2分子の計算をしてみました。 構造最適化はPBE0/Def2 [→続きを読む]

IDISP再訪

2017-04-10 0

GMTKN30データセットのIDISPサブセットを、ORCA4.0.0.2のDLPNOで計算してみました。 MP2は速いですが、F22f/F22lの符号が逆転してしまってます。

小さなタンパクのエネルギー計算

2017-03-28 0

ORCA 4.0.0では大きな分子でも高精度計算が可能になってきていて、タンパク質レベルのサイズでもMP2計算ができます。 手頃なところで、PDBに登録されているCyclotideの1種(3E4H)を例にやってみました。 水分子を取り除いた [→続きを読む]

ORCA ver.4.0.0リリース

2017-03-20 0

ORCAの最新版がリリースされましたね。 今回のアップデートはかなり大きなもので、release notesを見るだけでもwkwkします。 しかし、ダウンロードが重くて失敗しまくります。 まったり待ちましょう。