Molekel 5.0.0.1 (2006/12/21)
GUIをQtで作り直した、全く新しいMolekelのメジャーバージョンアップ。4.6alphaの時点でかなり良さそうな予感がしていましたが、今のところ、GAMESSやGaussianの出力ファイルを読み込むとエラーを吐く状態。2バイト文字圏で起きるエラーの可能性もあります(オフィシャルのテストデータすら読めない)。
情報求む。
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Facio Ver.10.7.1 (2007/01/17)
Cubeファイル内のMOデータを一度に20個可視化して表示する機能が追加。他に分子を見る方向を制御するユーティリティの追加と多重起動の有効化。
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MOPAC2007 (2007/01/24)
OpenMOPAC7.2が正式版となり、名前がMOPAC2007に変更されました。1/24よりアカデミックユースのみフリーという条件で配布されています。会社員でも、個人的な学習に用いる場合は問題ありませんが、業務に利用する場合はコマーシャルライセンスを取得して下さい。
新しくRM1法、PM6法が組み込まれており、特にPM6法では幅広い遷移金属錯体の構造最適化が可能になっています(おかしくなるものもあり、私は現在それを検証中です)。
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Facio Ver.10.8.1 (2007/02/04)
前バージョンで実装された複数のMOを表示する仕組みを進化させ、ドラッグアンドドロップでリストを作成して好きな番号のMOを表示させることができるように。GaussianのFormatted Checkpoint File(.fch/.fchk)からの構造読み込みにも対応。
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Winmostar V3.55(07/02/04)
分子軌道や電子密度のカラー投影図を描画できるようになりました(図)。他にも、重ね合わせのときにz軸方向だけでなくx軸・y軸方向にも移動可能になったり。バグフィックスもいくつか。
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Molekel 5.1.0 (2007/02/01)
いろいろ修正がされているようですが、重要なのは私の環境でGAMESSやGaussianの出力を読み込めるようになったということです。本バージョンで日本語環境でもほぼ問題なく操作できると思います(但し、日本語などの2バイト文字を含むパスは取り扱えないので、日本語名のフォルダの中にあるファイルは開けません)。
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Winmostar V3.56(07/02/13)
同梱のMOPACでキーワード「POTWRT」(静電ポテンシャルの期待値データの出力)が利用できるようにリコンパイルされています。
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Winmostar V3.57(07/02/27)
TINKER形式のxyzファイルの読み込みに対応。分子表示エリアで右ドラッグによる拡大・縮小が可能に。他に不具合修正など。
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Winmostar V3.59(07/03/11)
個人的に気になる更新は、PC GAMESSのpunchファイル内に出力された$CUBEデータの読み込みに対応したこと(しかも複数の$CUBEを含むpunchファイルに対応済)と、GAMESSの実行ファイルを二つ指定できるようになったこと。他には分子軌道表示での制限(basis function数)を1200に引き上げたり、PHASE(固体物理向けDFTプログラム)のCUBEデータの読み込みに対応など。
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Facio Ver.10.9.1 (2007/03/14)
PC GAMESSのSURFACE/RSURFACE計算(ポテンシャルエネルギー面の走査：MOPACのMEP計算に相当)用の入力作成GUIが新たに追加。非常に使いやすい出来です！
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Facio Ver.10.9.3 (2007/04/07)
Ver.10.9.2 (2007/04/01)の内容も合わせて…
WinGAMESSの現時点での最新版(7 Sep 2006 (R4))で可能になったTDDFT計算が入力作成時に選択できるように修正。UHFでのMOのエネルギー準位表示でαとβを別のウィンドウに表示する機能追加。MRMP2計算で有用なオプションが自動付与されるように設定。などなど。
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Winmostar V3.60(07/04/04)
キーワードや追加データを入力するテキストエリアの簡易拡大・縮小ボタンが追加されました。PC GAMESSの実行ファイルと同じ階層に外部基底関数ファイルbasis.libを置くことで、Winmostar上から計算を起動する場合にも外部基底関数を利用できるようになりました。他に細かい修正2点。
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Facio Ver.10.9.6 (07/05/12)
ここ最近の更新をまとめて。
MOPAC2007の振動計算の出力可視化に対応。TINKER/MM3での構造最適化で、エステルやカルボン酸の簡易最適化用パラメータセットが同梱(自分でmm3.prmにコピー＆ペーストする必要あり)。IRやラマン，VCDスペクトルの可視化データをテキストに落とす際の分解能を3段階で指定可能に。van der Waals体積の計算と水素結合の検出機能が追加。他にもいくつか。
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Winmostar V3.61(07/05/14)
Gaussianによる振動解析の可視化に対応。PC GAMESSのSurface Scan計算の出力読み込みに対応。MOPAC2007のFormatted Graphic File(キーワードGRAPHF，拡張子mgf)が保存されるように修正。他に修正2点。
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Molekel 5.1.1 (07/05/11)
ADFのTape41ファイルに対応。他に5件バグフィックス。
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Facio Ver.10.9.7 (07/06/16)
複数のファイルをドラッグアンドドロップし、一度に表示する機能を実装。PDB, XYZ, MOL, GAMESS output, Gaussian outputなどに対応。
他にGAMESS入力作成画面の機能追加($PCMのSOLVNTなど)や、初期分子表示の拡大率をiniファイルで指定できるようになるなど。
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Winmostar V3.63(07/06/26)
V3.62(07/06/21)の更新内容と併せて。
Gaussianの振動計算の出力からRamanスペクトルを表示できるようになったり、起動オプションでMOPACや体積/表面積，アスペクト比の計算をできるようになったり、-OH基の追加時の二面角が165°に変更になったり。他にも細かい設定変更や機能追加・修正があります。
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Facio Ver.10.9.8 (07/07/06)
構造最適化計算の各ステップのエネルギーを抽出・グラフ化する機能が追加。最適化計算の収斂の様子がよく分かります。他に、Gaussianの古いバージョン(90,94)の出力から最適化構造を読み込めるようになったり、PC GAMESSで最大9個の入力ファイルをD&Dすることで連続処理させるbatファイルが同梱。
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Molekel 5.2.0 (07/07/19)
ファイルの読み込みアルゴリズムがOpenBabel 2.1に移行。これにより大きなPDBファイルの読み込みが可能に。他にもいくつかの新機能追加とバグフィックス。詳細は下記リンクへ。
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Facio Ver.10.9.9 (07/07/22)
GAMESSのQM/MM計算(SIMOMM法)の入力作成支援機能(レイヤー選択機能)が追加。
WinGAMESS/PC GAMESSの計算用バッチファイル(最大9個の入力ファイルまでD&D可)が同梱。他にもいくつか修正等。
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Winmostar V3.64(07/07/24)
GAMESSの振動計算の出力を読み込んでスペクトル表示と振動アニメーションが可能に。2つの末端水素原子を-CH-CH-ユニットで置換して環構造を構築する「環構築」が編集メニューに追加。他に修正がいくつか。
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Winmostar V3.65(07/08/23)
直交座標に関する仕様変更＆不具合修正がいくつか。例えば、画面左下に現在の座標の向きを表示できるようになってます(下図)。他に、PC GAMESSの読み込み不具合修正や、3Dアニメーションで巻き戻しフレームを保存できるようになるなど。
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PC GAMESS 7.1 (2007/09/05)
internal buildである7.0.2～7.0.7までの機能追加・更新をバグフィックスの上v7.1として公式リリース。
主な内容として、state-averaged MCSCFやparallel MP2，parallel PCMの実装、O汎関数の追加、並列計算のインターフェースの改良など。
公式リリースの予告からかなり時間がかかりましたが(約１ヶ月？)、やっと公開です。
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Winmostar V.3.66 (07/09/24)
ある意味念願でもあった「戻る」20回を始め、操作を戻す機能が強化。結構おっちょこちょいな人には助かる機能です。他にも細かい仕様変更がいくつか。
サイエンスアゴラ参加の告知(3D分子モデルデータを使った小ネタあり)も出てました。
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Facio Ver.11.1.1 (2007/10/02)
GAMESSのFMO計算用入力ファイル作成GUIを新たに装備。これすごいです！FMO法についてよく知らない人もとりあえずFMO計算ができてしまいます(結合を切断して二つのフラグメントに分けるところを自動化してくれるところが大きい)。スクリーンショットは下記リンクを参照。
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※FMO法はすごく興味があるんですが、大きい分子をたくさんのフラグメントに分割して、多数のノードで並列計算するとき真価を発揮するので、家の環境ではあまり良さを体感できないところが…
Winmostar V.3.67 (07/10/23)
MOPACのキーワード設定を専用ウィンドウで設定できるように(下図)。GaussianやGAMESSのTDDFT計算の結果からUVスペクトルを表示。GAMESSで$DATAグループに基底関数が記述されているケースで読み込みが可能に(基底関数データは無視される)。他に不具合修正など数件。
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Facio Ver.11.2.1 (2007/11/03)
FMO計算で、各フラグメントのMO法による構造最適化を実行可能になっています。
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Winmostar V.3.68 (07/11/26)
Gaussianにもパラメータの設定画面ができました。配色にJmolとRasmolが追加。3D表示についていくつか追加・修正。MOPAC2007の特殊なIRC計算(IRC=1*：原系へ向かうルートと生成系へ向かうルートを両方計算する)の出力読み込みに対応。他に不具合修正1件。
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Winmostar V.3.69 (08/01/03)
2D表示で多重結合を表示できるように。クリーンの際に結合長が一部おかしくなる不具合，PDBの読み込みに関する不具合など、いくつか重要な修正も。
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Winmostar V.3.70 (08/01/25)
Gaussian, GAMESSの構造最適化計算を実行している間に、出力ファイルを読み込んで構造変化をモニタリングできるように(重要な更新！)。IR/ラマンスペクトルの描画で行われていた無駄な重ね描きをしないように修正。他にいくつか不具合修正等。
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Facio Ver.11.3.1 (2008/02/10)
FMO計算用の機能が更に強化。フラグメントを作成するアルゴリズムの改良や、糖鎖のフラグメント自動生成、マルチレイヤーFMO計算などの設定が可能に。
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Molekel 5.3.0 (2008/02/13)
IR/ラマンスペクトルの描画&PDF保存や、アンチエイリアス表示のサポート、multi-molecule Gamess inputへの対応、分子軌道描画の際の透過度や色の指定を可能にするなどなど。
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Winmostar V.3.71 (08/02/19)
GAMESSの入力ファイル作成パネルが新規に追加され、構造最適化計算の過程をアニメーション表示する画面にGradient表示を追加。MOPAC2007のmgfファイルを読み込んで分子軌道表示できるように(但しd軌道を含むものについては表示できないので、Jmolのスクリプトコンソール用のテキストを表示することで代替しています)。
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Facio Ver.11.5.1 (2008/04/13)
FMO計算から得られる重要な知見の一つ、フラグメント間相互作用エネルギー分割(PIEDA:Pair Interaction Energy Decomposition Analysis)の可視化が前バージョンより実装されています。
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Winmostar V.3.72 (08/04/14)
3Dでの分子軌道表示にメッシュタイプを追加(下図)。各種計算プログラムの静電ポテンシャルや双極子モーメントの表示に対応。Gaussianの振動計算におけるVCDの可視化に対応。MOS-F 4.2に対応。他にJmolとの連携強化など。
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GAMESS 11 APR 2008 (R1) (2008/04/11)
GAMESSの新バージョンが今月公開(Webに反映されたのは昨日?)。
DFTの汎関数がいくつか追加(TruhlarらのM05/M06が中心)。TDDFT gradientをサポート。Open Shell CC(energy)をサポート。高精度エネルギー法G3(MP2, CCSD(T))をサポート。他にもいろいろ。
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Winmostar V.3.73 (08/05/04)
同梱のMOPAC 6でgraphを指定すると、.gptだけでなく.mgfも出力されるようになってます。また、MOPACのSTEP/POINT計算やGaussianのScan計算の読み込みに対応。他にいくつか細かい追加・修正あり。
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