Movable Typeでの管理に移行
本日(2006/04/23)から、pc-chem.infoのコンテンツ管理をMovable Typeに移行しました。今後は、各コンテンツにコメントを頂いたり、トラックバックの送受信ができるようになります。また、誤記等の指摘にも今までより迅速に対応可能になると思います。
もし、何らかの不具合を発見された場合は、s2k(s2k_admin[at]pc-chem.info)までお願いします。
GAMESSbenchで対決！じゃなくて調査です…
このサイトをご覧になっている方に、是非協力していただきたいことがあります。
言わずと知れたab initio MOプログラムパッケージ「GAMESS」による計算はどういう構成のPCで速いのか？を調べてみようと思うのです。気になりませんか？？いくつかのベンチマークが公開されていますが、(下記)
非経験的分子軌道計算プログラムGAMESSベンチマーク(HIT)
阪府大小関先生のベンチ
自作erの構成での結果が知りたくないですか？？？
ベンチマーク用の入力ファイルはこちら↓
Benchmark.inp Rev.2
[最初に公開したものより、メモリ使用量を2桁下げました]
MOPAC2002のPM5で構造最適化したジエチルエーテル分子の、DFT(B3LYP/6-31G(d))でのシングルポイントエネルギー計算です(WinGAMESS 06)。私のPCでは92秒で終了しました。これぐらいの計算が、皆さんの貴重な時間を割いて行うベンチマークとしては良いのではと思います。(もちろん、もっとディスクIOの負荷が掛かる計算や、時間が掛かる計算もいずれやってみたいとは思いますが)
旧コンテンツから画像を移動中です。
長らく放置(?)していた仕事に手を付け始めました。旧コンテンツから、MT管理の新コンテンツへ画像を移す作業を現在実施中です。ひとまず分子の静的性質に関するコンテンツから作業を開始しまして、すでにいくつかは新コンテンツに画像が入っていると思います。
画像にでてくるソフトのバージョンが古かったり、プログラムの進歩でもっと正確な計算が速くできそうなところもあって、そういうところは画像も含めて新しい記述に差し替えることをする予定です(遷移金属錯体のところとかは、ECP基底を使った計算に差し替えを検討中)。
いくつかコンテンツ修正＆追加
ゴールデンウィークということで、ここぞとばかりに更新中です。
ちょっと中途半端な内容ですが、遷移金属錯体のページの内容を改変しました。相対酸性度のページは気相酸性度のページとして一新。Counterpoise補償法については、掲示板の質問がきっかけで作成した新規コンテンツ。
今後、近いところではn-Butaneの回転障壁のページにab initioの計算結果を追加したり、PC GAMESS用ファイル処理マクロ「JOB」の解説を新規追加するなどを予定しています。
CC-BBSをDesktop Chemistry Forumに
入り口でおもむろに画像認証していたCC-BBSですが、my little forumを使って「Desktop Chemistry Forum」に衣替えしました。
投稿された記事を読むのに認証は必要ありません(本来は当たり前ですね…)。投稿時に画像認証(Captcha)が入ります。私に直接メールを出すのもフォーラムの下にある「管理者に連絡」から可能になりました。
これで掲示板は4代目ですが、もうこれ以上の移転はありません。CC-BBSはそのまま書き込み不可の状態で残しておきます(認証ページにフォーラムへのリンクを追加しておきます)。アップローダはそのままで、フォーラムからリンク(パスワードはそこに書きました^^;;)してあります。
やっと、ほとんどのコンテンツがWeb 2.0的管理に移行したことになりますね。
QM/MM法の記事を一時公開差し止めにしました
WinGAMESSでQM/MM法を行う方法について、当サイトで紹介しておりましたが、内容の再吟味のためしばらく公開を凍結します。
QM regionとMM regionの切り分け方のところで複数不明な点があり、それが解決したところで再公開の予定です。
QM/MM法の記事を再公開しました
一時差し止めにしていたQM/MM法の記事を再公開しました。
記述についてはほとんど変更していませんが、「遷移金属を含めることができない」という記述は削除しました(可能です:JPC, 1996, 100, 2573-2580.)。
サイエンスアゴラ2007、ご来場ありがとうございました。
二週間遅れのご挨拶ですが、サイエンスコミュニケーション・イベント「サイエンスアゴラ2007」にご来場下さった方々、本当にありがとうございました。3日目(11/25)の午前中に登壇したわけですが、用意した席もぴったり埋まりまして、最後に若干の拍手も頂けてほっとしております。
私の発表では配布資料を作成することができず、申し訳ありませんでした。補足にはやや不足かもしれませんが、要点をまとめたページを作成しました。対象がはっきりしない、イマイチな構成なのですが…
最後に、このような貴重な機会を与えてくださった「生活環境化学の部屋」の本間さん、そして「分子計算と視覚化研究会」のメンバーに感謝いたします。
GAMESSのD&D実行バッチファイル
GAMESS(WinGAMESS, PC GAMESS)のD&D実行用バッチファイルを、新たに作成しました。
FacioやWinGAMESSに同様のバッチファイルがすでに同梱されており、利用されている方も多いかと思いますが、私が作成したものは、これとは3点異なります。
(1) 入力ファイル数は無制限
(2) ファイル名から並列処理/逐次処理を判別して実行
(3) WinGAMESSについては、入力ファイルの改行コードを変換してから実行
3については、同梱のdos2unixを使っています。batファイルとパスを合せた上でお使い下さい。
なお、このファイルの利用はあくまで自己責任でお願いします。
最新版(v1.1)ダウンロード(一時的に公開を中止しています)
更新履歴は↓下記リンクに記載しています。
【お詫び】GAMESS用D&Dバッチファイルの公開中止
今年の2月10日より2月12日まで、本ページ上で公開しておりましたGAMESS用D&Dバッチファイルについて、そのオリジナルを作成されたFacio開発者より(1)明らかに自らの作成したバッチファイルを基に作成されているにもかかわらず、そのことがどこにも書かれていない(2)バッチファイル自体に全く不要の機能があり、逆に重要な機能が実装されていない(3)そのようなファイルが、オリジナルと殆ど同じファイル名で公開されており、ユーザーを混乱させる という3点に非常に問題があるとの指摘を受け、公開を中止することとしました。
関係各位に多大なご迷惑をお掛けしましたこと、深く陳謝致します。
なお、この件に関わる私とFacio開発者とのやりとり(公開中止に至る経緯)は、こちらで公開しておりますので、適宜ご参照下さい。
※D&Dできるファイル数の制限を無くす方法等については、単独でいずれどこかにまとめたいと考えております(誰にでもできる簡単なことではありますが)。
Windows Vista x64での動作状況一覧
Windows Vista x64 (SP1)での各種プログラムの動作状況をここに記載していきます。
私が確認できたものを随時公開していくのは勿論、ご覧の方で自分のところで動作確認が取れたというものも、メールorこの記事へのコメントでお寄せ頂ければと思います。
各プログラムのすべての機能を確認するのは難しく、またハードウェアやドライバ等の環境にも依存しますので、完全動作を保障するものにはならないかと思います。あくまで利用は自己責任で。
[凡例：○＝問題なく動作, △＝一部問題あり, ×＝重大な問題あり(使用に耐えない), x86＝32bit環境(WOW)で動作, x64＝64bit環境で動作]
【アルファベット順】
ArgusLab 4.0.1 × (x86, 分子を回転できない)
Avogadro 0.6.1 ○ (x86)
Facio 11.5.1 ○ (x86)
Jmol 11.4.0 ○ (x86)
MacMolPlt 7.1 △ (x86, 分子を回転させるときにもたつく)
Molekel 5.3.0 × (x86, GAMESSの出力読み込み時に落ちる)
OpenBabel 2.1.1 ○ (x86)
ORCA 2.6.35 ○ (x86)
PC GAMESS 7.1.5 ○ (x86)
WinGAMESS 08 ○ (x86)
Winmostar 3.71L ○ (x86)
【更新停止のお知らせ】
すでに2ヶ月近く更新が滞っておりましたが、一度更新停止のお知らせとともに区切りを付けたいと思います。この「更新停止」は無期限ではなく、いずれ再開しますが、1年程度の休息期間を入れたいと考えています。
いろいろと理由はありますが…本業が忙しい(充実している)ということもあって、なかなかこちらに目を向けられない状態になっているのも事実です。
フォーラムやメール(s2k_admin[at]pc-chem.info)への返信はなるべく速やかに対応しますので、どうかご容赦を m(_ _)m
半年振りの更新です
昨年8月の更新停止告知以来、半年振りの再開1発目は「MOPAC 6.06」の公開です。Winmostarの千田さんを筆頭に何人もの方にご協力頂き、無事公開に至りました。改めて、深く感謝の意を表します。ありがとうございました。
実際のところ、私(s2k)にはFortranのプログラミングスキルは皆無です。ですので、コード修正のほとんどは千田さんが実施しています。私はというと、論文で公開されたパラメータを地道に移植していくことと、その検証をすること、出力ファイルの表記の微調整ぐらいです…誰でもできることですね。
芳香族性の記事を書き直しました
旧ページのテキストだけコピペして画像が無い＆書いてる内容自体が怪しいなど、問題があったAromaticityのページを一から書き直しました
ISEとかNICSとか少しは以前のものよりグレードアップしたかもしれません。。。
【2009/05/07追記】
サイトの階層構造を変更しました。現時点ではいくつかの記事間リンクが通じていない状態です。早めに復旧しますので、今しばらくお待ちください。
いくつか更新しました
まずは、ORCAによる化学シフトの高速計算の記事を掲載しました。ORCAは、NMR以外でもかなり使えるプログラムだと思います。
あと、「このサイトについて」というコーナーを作りました。目的や、現在の私の計算機環境(記事中の計算時間を読者の環境に換算する際に参考になるかも)を記載してあります。
先月より始めたサイトの整理やほぼ終結しました。ほとんどの記事のURLが整理前と変更になっていますので、記事への直リンクは切れている可能性が高いです。一応、404のページにその辺を書きましたので、迷うことはないと思いますが…
来場ありがとうございました
「模型とモデルで知る未来を拓く分子の世界」にご来場頂いた方、ありがとうございました。また、途中で通りがかりで参加しようとして席が空いていなかったばっかりに入れなかった方、申し訳ありませんでした。
ちょっと、いや大分詰めの甘い内容となってしまいましたが、何か感じ取っていただけるものがあれば嬉しいです。薬を創るのは大変ですよ(その"種"でさえ)。
参加報告が分子計算と視覚化研究会のアナウンスページ(上のバナーのリンク先)に公開されています。そこで使用した資料のpdf版が見れるようになると思いますので、復習したい方や、当日来られなかった方も是非ご覧下さい。(掲載され次第こちらにその旨追記します)
【2009/12/13】今回の資料の簡略版(体験学習部分を省略)をslideboomで自由に閲覧できる形にしました。下の「続きを読む」をクリックして下さい。
※slideboomの情報を提供してくださった本間さんに感謝します！
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