小さなタンパクのエネルギー計算

ORCA 4.0.0では大きな分子でも高精度計算が可能になってきていて、タンパク質レベルのサイズでもMP2計算ができます。

手頃なところで、PDBに登録されているCyclotideの1種(3E4H)を例にやってみました。
水分子を取り除いた本体で分子式がC₁₂₂H₁₈₄N₃₄O₄₀S₆、アミノ酸29残基の環状ペプチドです。

! DLPNO-MP2 cc-pVDZ cc-pVDZ/C RIJCOSX PAL6
%MaxCore 9000
* xyz 0 1
(座標)
*

こんな入力で、計算時間約12時間で堂々の正常終了でした。いけるもんですねぇ。