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2017-04-10 0

GMTKN30データセットのIDISPサブセットを、ORCA4.0.0.2のDLPNOで計算してみました。 MP2は速いですが、F22f/F22lの符号が逆転してしまってます。

2017-03-28 0

ORCA 4.0.0では大きな分子でも高精度計算が可能になってきていて、タンパク質レベルのサイズでもMP2計算ができます。手頃なところで、PDBに登録されているCyclotideの1種(3E4H)を例にやってみました。水分子を取り除いた [→続きを読む]

2017-03-20 0

ORCAの最新版がリリースされましたね。今回のアップデートはかなり大きなもので、release notesを見るだけでもwkwkします。しかし、ダウンロードが重くて失敗しまくります。まったり待ちましょう。

2016-10-12 0

何ですか、このお手軽計算システム……！ http://www.nwchem-sw.org/index.php/EMSL_Arrows# 専用のメールアドレス(arrows@emsl.pnnl.gov)に一定の書式で計算のオーダーを書いて送る [→続きを読む]

2016-09-23 0

いつのまにか、Fireflyのマイナーバージョンアップが行われていたようです(8.2.0)。メールで一斉に連絡がありましたが、Newsの方を更新してなきゃ気づきませんてこれ(笑さて、8.1.1から8.2.0になって、RI-MP2が使えるよ [→続きを読む]

2016-07-26 1

もうすぐ正式リリースされるはずのBash on Ubuntu on Windows。ちゃんとしたUbuntuが入っているので、apt-getで計算化学プログラムを簡単にインストールできるのは以前書きましたが、ここにWindows側のbatフ [→続きを読む]

2016-05-02 1

Windows Insiders PreviewのBuild 14316から、「Bash on Ubuntu on Windows 10」を試すことができるようになりました。というわけで、早速使ってみました。 apt-getでいろいろイン [→続きを読む]

2016-01-04 0

Fireflyはver.8からnumerical gradientが実装されています。どのプログラムでも大体実装されている機能ですが、ver.8からとは意外ですね。これを使えば、analytical gradientが実装されていないMP [→続きを読む]

2016-01-02 0

いつもこの時期に何か記事を上げている気がしますね。ここのところ、RDkitの使い方を少しずつ勉強していたり、Prirodaの最新版のテストをしていたり。RDkitについては配座発生が中心ですが、どうも結果が変で試行錯誤中…… Python [→続きを読む]

2015-05-10 0

今後投稿(一部再投稿)していく予定のものを列挙。 Gabeditの使い方励起状態の計算芳香族性の見積もり BSSE 酸化的付加-還元的脱離溶媒効果の考慮 Model chemistryの選択