s2kadmin – ページ 2

2017-05-01 0

プログラムはCPUやメモリだけでなく、ストレージも使います。ときにはストレージのI/O性能が足を引っ張って、計算に時間がかかってしまうことも。私が普段使っているPCには、普通のデータ保存用HDDと、高回転のHDDを2台RAID0に組んだス [→続きを読む]

2017-05-01 0

DLPNO-MP2はRI-MP2とどれくらい違うか比較。小さい分子は純粋な計算時間以外のオーバーヘッドがあるので、スケーリング算出は時間かかる側5分子のデータを使っています。 RIはconventionalに比べて計算時間が1/10になる [→続きを読む]

2017-04-18 1

ORCAはver.4からGIAO法によるNMR化学シフト計算を行うことができます。恒例のベンチマークとして、StrychnineとTriamcinolone Acetonideの2分子の計算をしてみました。構造最適化はPBE0/Def2 [→続きを読む]

2017-04-10 0

GMTKN30データセットのIDISPサブセットを、ORCA4.0.0.2のDLPNOで計算してみました。 MP2は速いですが、F22f/F22lの符号が逆転してしまってます。

2017-03-28 0

ORCA 4.0.0では大きな分子でも高精度計算が可能になってきていて、タンパク質レベルのサイズでもMP2計算ができます。手頃なところで、PDBに登録されているCyclotideの1種(3E4H)を例にやってみました。水分子を取り除いた [→続きを読む]

2017-03-27 1

◆2019/8/22現在ついにメモリを128GBに増量し、Intel環境からAMD環境に変えました。ケースも変えて、ATXフォームファクタとしてはコンパクトになっています。CPUのTDPが下がったこともあり、冷却も簡易水冷から空冷に戻しま [→続きを読む]

2017-03-20 0

ORCAの最新版がリリースされましたね。今回のアップデートはかなり大きなもので、release notesを見るだけでもwkwkします。しかし、ダウンロードが重くて失敗しまくります。まったり待ちましょう。

2016-10-12 0

何ですか、このお手軽計算システム……！ http://www.nwchem-sw.org/index.php/EMSL_Arrows# 専用のメールアドレス(arrows@emsl.pnnl.gov)に一定の書式で計算のオーダーを書いて送る [→続きを読む]

2016-09-23 0

いつのまにか、Fireflyのマイナーバージョンアップが行われていたようです(8.2.0)。メールで一斉に連絡がありましたが、Newsの方を更新してなきゃ気づきませんてこれ(笑さて、8.1.1から8.2.0になって、RI-MP2が使えるよ [→続きを読む]

2016-07-26 1

もうすぐ正式リリースされるはずのBash on Ubuntu on Windows。ちゃんとしたUbuntuが入っているので、apt-getで計算化学プログラムを簡単にインストールできるのは以前書きましたが、ここにWindows側のbatフ [→続きを読む]

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