Articles by s2kadmin

どんな計算で、という話ですが… ・エネルギー計算(CCSD(T),CCSD,MP4,MP2,Hybrid-DFT,DFT) ・構造最適化(MP2,Hybrid-DFT,DFT) Crambin(PDBID:3NIR, 電子数2514)をBP [→続きを読む]

ワークステーションにリモートデスクトップで接続して計算をしているのですが、リモートデスクトップのソフトとして何を使うかで計算に影響があるのです。 Windows純正のリモートデスクトップを使った場合、なぜかCUDAを活用した計算ができなくな [→続きを読む]

FireflyではMP4(T)部分でCUDAによるGPU活用が可能になっています。 まず、ダウンロードしたバイナリの中にCUDAを使うためのdllが3つ同梱されているので、解凍しFireflyの実行ファイルと同じ階層に置きます。あとは入力で [→続きを読む]

今まで、FireflyのParallelとMultithreadingの違いを全然理解していなかったので(MP3/4計算をほとんどしたことが無かった)、それについて。 Fireflyではsemi-empirical methodとMP3/4 [→続きを読む]

Windows用のORCAを使っていると、支障はないものの並列計算の時にエラーを吐くという話題を出したことがありますが(http://blog.pc-chem.info/article/76985914.html)、つい最近どなたかがFor [→続きを読む]

ORCAのLPNO-CEPA/1で、GMTKN30のISOL22 subsetを全部計算してみました。とりあえず今回は計算時間が節約できるExtrapolateEC(2/3,cc)でやってます。比較で既報の他のモデル化学での結果も並べました [→続きを読む]

構造がかっちり固まっていて適度に化学シフトがばらけているアルカロイドは、NMR計算の検証にもってこいの分子です。つい最近キニーネで配座解析→化学シフト計算という流れをやりましたが、今日はもっと簡単な、配座が一つしか取れない分子の計算です。 [→続きを読む]

Computational Organic Chemistryの記事で、MMで配座解析をしてその構造をそのまま使って遮蔽定数の計算をし、ジアステレオマー同士を区別するという方法論の話があったので、MM～遮蔽定数計算の流れを全く一緒ではないで [→続きを読む]

通常のSCFでは何の問題も無いのですが、RIJCOSXでDiffuse関数を含む基底系での計算を行うと、SCF計算が発散してしまいます。COSXのグリッドの精度が足りないことによるもの(と思われる)と、SCF計算のアルゴリズムとしてDIIS [→続きを読む]

以前にもベンチマーク的に使っていたOLのこの文献ですが、今回もこれを使ってみます。 前回は確かGAMESSに組み込まれたLCの効果についてだったと記憶していますが、今回はGrimmeのDFT-D3やLPNO-CEPA/1がどうかなという。 [→続きを読む]