DC法をブラックボックス的に使う落とし穴?
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] ブラックボックス的に使えれば何よりですが、そうもいかないようで。 一例として、抗うつ薬フルオキセチン(Fluoxetine, SSRI)の2つの配座間のエネルギー差を調べる計 [→続きを読む]
Articles by s2kadmin
1重項ビラジカルの構造と遷移状態探索
有機化学の世界においては、対象となる分子の多くは閉殻分子で、かつ反応機構も極性機構で捉えられています。しかし、その枠組みから外れる分子や反応機構も数多く知られています。今後、電子構造や反応機構が見直されていくものもあるでしょう。 計算化学に [→続きを読む]
直交座標が活きるとき
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 備忘録。 最近、PCM(IEFPCM, CPCM)で溶媒和を考慮する計算をやってるんですが、構造最適化のカットオフがOPTTOL=0.0001(default)の設定で、0. [→続きを読む]
ホルムアルデヒドの励起状態計算
分子には基底状態と励起状態があります。多くの有機反応は基底状態で起こりますが、光照射下では励起状態からも反応が起こります。また、紫外・可視スペクトルは共役系の状態を知るために有用な情報を与えますが、これは電子の励起エネルギーを観測しているこ [→続きを読む]
ORCA使ってる人オルカ？
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] ちょっと前に、GAMESS MLでORCAという名前のプログラムが出てきました。聞いたことがなかったので調べてみたら、ドイツ・ボン大のグループによって開発されているab in [→続きを読む]
有機化学者にとって身近な謎？
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 有機化学実験をやったことのある人なら、必ず１回は分液操作をしたことがあると思います。 普通、分液というと水―有機溶媒系がほとんどで、よく有機溶媒としてエーテル(ジエチルエーテ [→続きを読む]
Counterpoise補償法によるBSSEの見積
分子間の相互作用は、計算化学が扱う主要な問題の一つです。単純に考えると、例えばAという分子とBという分子が相互作用してABという錯体を形成する場合、A,Bが単独で存在したときのエネルギーと錯体ABのエネルギーを比較して、その相互作用がどれぐ [→続きを読む]
有機金属錯体の構造最適化
有機合成化学は、Vaska型錯体に代表される有機遷移金属錯体の発見から数十年の時を経て、ようやくその恩恵にあずかることができるようになりました。有機金属とは、炭素-金属結合を有する化合物の総称で、特に、遷移金属との錯体を有機遷移金属錯体と称 [→続きを読む]