“JOB”って何か知ってます？
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 最近、PC GAMESSのページのNewsで「JOB」という入出力ファイル操作用マクロが公開されました。これ、なかなか楽しいです。いくつかの実例が同梱されてますが、G2に代表 [→続きを読む]
Articles by s2kadmin
PC GAMESS 7.0.4 の並列PCMテスト
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 昨日、PC GAMESSの新しいテスト版7.0.4が登録ユーザー向けにリリースされました。7.0.3から組み込まれた並列化PCMとO汎関数に興味があるところで、まずはPCM計 [→続きを読む]
UFFを使えるフリーソフト・ArgusLab
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] TINKERでUFFが使えればいいのに…とずっと考えているのですが、UFFを使って遷移金属錯体の構造最適化を行うことができるフリーソフトがありました。ArgusL [→続きを読む]
GAMESSでQM/MM計算
非常に大きな分子を計算するとき、その計算時間を削減する方法としてQM/MM法が現在有力な方法の一つとなっています。大きな分子においては全ての原子が重要ではなく、多くの原子は立体的な影響のみで、電子状態が重要な寄与を果たすのは一部であるという [→続きを読む]
備忘録：いまさら構造最適化の最適化
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 大規模なワークステーションではなく、自宅のPCで計算を行う以上、なるべく効率よく計算が終わることが望ましいのは言うまでもありません。(ワークステーションでも同じことですが、家 [→続きを読む]
「すぐできる量子化学計算…」を買いました。
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 平尾公彦監修・武次徹也編「すぐできる量子化学計算 ビギナーズマニュアル」が5/1に発売されました。早速購入しましたので、そのファーストインプレッションを。 非常に平易に書かれ [→続きを読む]
GAMESS/TINKERでQM/MM計算
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 巨大分子を計算するのに、ab initio法が不向きなのは言うまでもありません。いくら時間があっても足りません。最近はDFTやFMOなどでタンパク質を扱う試みもされていますが [→続きを読む]
TDDFTで電子遷移の吸収波長予測
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] 現在、PC-GAMESSはver.6.4が最新版ですが、非公開ながらPC-GAMESS ver.7 がRCまで来ています。今回、ver.7 RCを使うことができましたので、こ [→続きを読む]
PC-GAMESSでDualCore CPUをフル活用。
[本記事は私が以前書いていたblogからサルベージしたものです] モスクワ州立大のAlex A. Granovsky教授が開発している「PC-GAMESS」は、GAMESS-USの傍系で、独自のFeatureを加え、さらにCPU毎に最適化が [→続きを読む]